mvdbeek/galaxy-integration-docker-images

Agave DevOps Torque/PBS 容器

这是Torque调度器的开发安装版本，同时作为调度器和工作节点运行。该镜像可作为单节点集群用于测试目的。

什么是Torque

TORQUE资源管理器提供对批处理作业和分布式计算资源的控制。它是基于原始PBS项目的高级开源产品，融合了社区和专业开发的精华。在可扩展性、可靠性和功能方面进行了重大改进，目前在全球数万个领先的***、学术和商业机构中使用。TORQUE可根据包含的许可证自由使用、修改和分发。

有关Torque的更多信息，请查阅官方网站。

镜像内容

此开发容器将创建一个管理员用户和三个测试用户：

• root:root
• testuser:testuser
• testshareuser:testshareuser
• testotheruser:testotheruser

如何使用此镜像

运行容器

bash
docker run -d -h localhost -p 10022:22 --privileged --name torque agaveapi/torque

这将启动容器，其中包含一个supervisor进程，该进程将在暴露的22端口上运行sshd服务器，同时Torque调度器作为控制器和工作节点运行。

注意：由于Torque需要无限制的ulimit设置，必须使用--privileged标志运行此镜像。

提交作业

需要创建交互式会话才能在容器中运行作业。有两种方法：

方法一：启动容器并通过SSH连接

bash
docker run -h localhost -p 10022:22 -d --name torque --privileged agaveapi/torque
ssh -p 10022 testuser@localhost

方法二：运行交互式容器并手动启动服务

bash
docker run -h localhost -p 10022:22 -i -t --name torque --privileged agaveapi/torque bash
bash-4.1# /usr/bin/supervisord &

无论使用哪种方式，一旦在容器中建立会话，都可以使用qsub命令提交作业。镜像中包含一个测试脚本/home/testuser/torque.submit，可提交该脚本以验证调度器是否正常工作：

bash
su - testuser -c 'qsub /home/testuser/torque.submit'
qstat

如何构建镜像

在包含Dockerfile的目录中构建：

bash
docker build -rm -t agaveapi/torque .