mwyczalkowski/importgdc
mwyczalkowski
自动构建
用于基因组数据共享中心（GDC）数据下载的命令行客户端，适用于MGI环境的Docker容器。
下载次数: 0状态：自动构建维护者：mwyczalkowski仓库类型：镜像最近更新：3 年前
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mwyczalkowski/importgdc 镜像文档
镜像概述
mwyczalkowski/importgdc 是一个基于 ~/src/BreakpointSurveyor/docker/Dockerfile.mgi 构建的Docker容器，专为MGI（医学基因组学研究所）环境设计，提供基因组数据共享中心（GDC）数据下载的命令行客户端功能。该镜像关联MGI上的工作流（路径：/gscuser/mwyczalk/projects/CPTAC3），并配置了Dockerhub自动构建以同步GitHub仓库变更。
核心功能与特性
- GDC数据下载：提供命令行客户端工具，支持从GDC下载基因组数据
- MGI环境适配：针对MGI环境优化，可直接集成到现有工作流
- 自动构建机制：关联GitHub仓库，理论上仓库变更时触发Dockerhub自动重建
- 便捷获取：可通过Dockerhub直接拉取使用，简化部署流程
使用场景与适用范围
适用于MGI环境下需要从GDC获取基因组数据的科研人员和数据处理流程，特别适合集成到CPTAC3等项目的工作流中，用于自动化数据下载环节。
使用方法与配置说明
镜像拉取
从Dockerhub拉取镜像：
bashdocker pull docker.xuanyuan.run/mwyczalkowski/importgdc
Dockerhub登录
若拉取时遇到权限问题，需先登录Dockerhub：
bashdocker login
构建与更新机制
自动构建触发
配置为当关联的GitHub仓库发生变更时，自动触发Dockerhub重建以反映最新代码变更。
手动强制重建
当前自动构建机制可能存在问题，可通过以下方式强制重建：
- 对Dockerfile中的
git clone命令进行微小修改（如添加空格） - 提交修改至GitHub仓库，触发重建流程
MGI工作流集成
该镜像已关联MGI环境中的工作流，具体路径为：/gscuser/mwyczalk/projects/CPTAC3，可直接在该工作流中调用容器执行GDC数据下载任务。
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 importgdc 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/mwyczalkowski/importgdc:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull mwyczalkowski/importgdc:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"