nanozoo/detonate

detonate Docker镜像文档

镜像概述

detonate Docker镜像是基于https://github.com/deweylab/detonate%E6%9E%84%E5%BB%BA%E7%9A%84%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%8C%96%E5%B7%A5%E5%85%B7%EF%BC%8C%E7%89%88%E6%9C%AC%E4%B8%BAv1.11%E3%80%82%E8%AF%A5%E9%95%9C%E5%83%8F%E6%97%A8%E5%9C%A8%E6%8F%90%E4%BE%9B%E4%BE%BF%E6%8D%B7%E7%9A%84%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6%E5%BA%8F%E5%88%97%E6%AF%94%E5%AF%B9%E8%A7%A3%E5%86%B3%E6%96%B9%E6%A1%88%EF%BC%8C%E9%80%9A%E8%BF%87%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%8C%96%E9%83%A8%E7%BD%B2%E5%87%8F%E5%B0%91%E7%8E%AF%E5%A2%83%E4%BE%9D%E8%B5%96%EF%BC%8C%E7%AE%80%E5%8C%96%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E5%BA%8F%E5%88%97%E5%88%86%E6%9E%90%E6%B5%81%E7%A8%8B%E7%9A%84%E6%90%AD%E5%BB%BA%E4%B8%8E%E8%BF%90%E8%A1%8C%E3%80%82

核心功能与特性

• 高效序列比对：支持快速准确的基因组序列比较，适用于各类生物数据处理场景
• 容器化部署：封装工具及依赖，避免环境配置冲突，可直接在支持Docker的系统中运行
• 版本稳定：基于v1.11版本构建，确保功能一致性和运行稳定性

使用场景与适用范围

• 病毒基因组序列分析与比较
• 微生物基因组特征研究
• 生物信息学教学实验环境
• 需要快速部署序列比对工具的科研场景

使用方法与配置说明

基本使用（docker run）

bash
docker run --rm -v /本地数据路径:/data docker.xuanyuan.run/detonate:v1.11 [detonate命令参数]

• 参数说明：
  • --rm：容器运行结束后自动删除
  • -v /本地数据路径:/data：挂载本地数据目录到容器内/data路径，用于输入数据读取和结果输出
  • [detonate命令参数]：替换为detonate工具的具体运行参数（详见项目官方文档）

数据处理示例

1. 将待分析的序列文件放置于本地/path/to/sequences目录
2. 执行比对命令：

bash
docker run --rm -v /path/to/sequences:/data docker.xuanyuan.run/detonate:v1.11 detonate --input /data/input.fasta --output /data/result.txt

维护与参考信息

• 维护者：Martin
• 项目文档：Dockerwiki
• 源代码：https://github.com/deweylab/detonate
• 许可证：NA