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nanozoo/ex90n50
nanozoo
用于根据Trinity工具进行Ex90N50计算的Docker镜像，基于trinity=2.8.5和salmon=1.0.0版本，适用于转录组组装质量评估。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：nanozoo仓库类型：镜像最近更新：6 年前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明
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镜像概述
该Docker镜像主要用于根据Trinity工具进行Ex90N50计算，是转录组分析中评估组装质量的专用工具。维护者为Martin，采用GPL许可证，详细文档可参考Dockerwiki。
核心功能与特性
- 核心功能：执行Ex90N50计算，符合Trinity工具的统计标准
- 软件版本：集成trinity=2.8.5和salmon=1.0.0版本
- 兼容性：遵循Trinity官方的Transcriptome Contig Nx和ExN50统计方法（参考https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki/Transcriptome-Contig-Nx-and-ExN50-stats%EF%BC%89
使用场景
适用于转录组组装完成后，对组装结果的质量进行评估，特别是通过Ex90N50统计量衡量转录本 contig 的完整性和连续性。
使用方法
基本运行方式
需挂载包含转录组组装结果和表达量数据的目录，执行Trinity工具中的ExN50计算脚本：
bashdocker run -v /path/to/your/data:/data \ [镜像名称] \ trinityrnaseq/util/ExN50_statistic.pl \ --transcripts /data/Trinity.fasta \ --gene_trans_map /data/gene_trans_map.txt \ --salmon quant.sf
参数说明
--transcripts：Trinity组装得到的转录本fasta文件路径--gene_trans_map：基因-转录本映射文件路径--salmon：Salmon定量分析生成的quant.sf文件路径
注意事项
- 确保挂载的数据目录包含所有必要输入文件
- 输出结果将保存在当前工作目录，建议通过挂载目录持久化保存结果
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull nanozoo/ex90n50:<标签>
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镜像拉取常见问题
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oldzhang
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Linux服务器
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"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"