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nanozoo/marine-phage-paper-scripts

nanozoo

用于从纳米孔原始数据中进行无需组装的海洋噬菌体检测的Python脚本套件，基于Beaulaurier等人的研究成果。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：nanozoo仓库类型：镜像最近更新：6 年前

镜像标签列表与下载命令

海洋噬菌体检测Python脚本套件镜像

镜像概述

维护者：Martin
许可证：Mozilla Public License 2.0
项目来源：https://github.com/nanoporetech/marine-phage-paper-scripts
文档参考：版本控制文档

该镜像包含一套Python脚本，用于从纳米孔原始数据中实现无需组装的海洋噬菌体检测，基于Beaulaurier等人的研究论文《Assembly-free single-molecule nanopore sequencing recovers complete virus genomes from natural microbial communities》。

核心功能与特性

无需组装检测：直接从纳米孔原始测序数据中检测海洋噬菌体，无需进行基因组组装步骤
基于Python：脚本使用Python编写，便于维护和扩展
针对海洋噬菌体：专门优化用于自然微生物群落中海洋噬菌体的检测与分析

使用场景与适用范围

海洋微生物群落研究
纳米孔测序数据的噬菌体分析
病毒基因组恢复与检测
微生物生态学相关研究

使用方法与配置说明

基本使用流程

准备纳米孔原始数据文件
运行容器并挂载数据目录
执行相应的Python脚本进行噬菌体检测分析

Docker运行示例

bash
# 挂载数据目录并运行检测脚本
docker run -v /本地数据路径:/data -it [镜像名称] python /scripts/检测脚本.py --input /data/原始数据.fastq

注：[镜像名称]需替换为实际镜像标识，具体脚本名称及参数请参考https://github.com/nanoporetech/marine-phage-paper-scripts%E3%80%82

配置说明

输入数据：需提供纳米孔原始测序数据（如FASTQ格式）
脚本参数：具体参数配置及使用方法请参照项目源代码及文档
输出结果：检测结果格式及解读方式详见原研究论文及项目说明

注意事项

使用前建议阅读原研究论文以了解方法原理
如需定制化分析或遇到技术问题，可参考GitHub仓库的issue或联系维护者

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 marine-phage-paper-scripts 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/nanozoo/marine-phage-paper-scripts:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull nanozoo/marine-phage-paper-scripts:<标签>

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