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NanoPlot v1.25.0 Docker镜像文档

镜像概述

NanoPlot v1.25.0 Docker镜像是基于https://github.com/wdecoster/NanoPlot%E9%A1%B9%E7%9B%AE%E6%9E%84%E5%BB%BA%E7%9A%84%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%8C%96%E7%89%88%E6%9C%AC%EF%BC%8C%E6%97%A8%E5%9C%A8%E6%8F%90%E4%BE%9B%E4%BE%BF%E6%8D%B7%E7%9A%84%E7%BA%B3%E7%B1%B3%E5%AD%94%E6%B5%8B%E5%BA%8F%E6%95%B0%E6%8D%AE%E8%B4%A8%E9%87%8F%E6%8E%A7%E5%88%B6%E4%B8%8E%E5%8F%AF%E8%A7%86%E5%8C%96%E8%A7%A3%E5%86%B3%E6%96%B9%E6%A1%88%E3%80%82%E8%AF%A5%E9%95%9C%E5%83%8F%E7%94%B1Martin%E7%BB%B4%E6%8A%A4%EF%BC%8C%E9%81%B5%E5%BE%AAGPLv3%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%EF%BC%8C%E9%80%82%E7%94%A8%E4%BA%8E%E9%9C%80%E8%A6%81%E5%BF%AB%E9%80%9F%E8%AF%84%E4%BC%B0%E7%BA%B3%E7%B1%B3%E5%AD%94%E6%B5%8B%E5%BA%8F%E6%95%B0%E6%8D%AE%E8%B4%A8%E9%87%8F%E7%9A%84%E7%A7%91%E7%A0%94%E4%B8%8E%E5%88%86%E6%9E%90%E5%9C%BA%E6%99%AF%E3%80%82

核心功能与特性

• 多格式支持：兼容纳米孔测序常见数据格式，包括FASTQ、FASTA、BAM、SAM及sequencing_summary.txt等
• 丰富可视化：生成多种统计图表，如读长分布直方图、质量分数箱线图、读长与质量散点图、GC含量分布等
• 质量指标计算：自动计算关键质量指标，包括平均读长、N50值、总碱基数、质量分数分布等
• 灵活输出：支持输出PNG、PDF、SVG等多种图像格式，以及可交互的HTML报告

使用场景

• 纳米孔测序实验后的数据质量快速评估
• 测序运行间的质量对比分析
• 测序流程优化中的数据监控
• 科研论文中的测序数据质量展示

使用方法

基本使用（Docker Run）

bash
docker run -v /path/to/input/data:/data -v /path/to/output:/output nanoplot:1.25.0 \
  --fastq /data/input.fastq \
  --outdir /output/nanoplot_report \
  --prefix my_sample

参数说明：

• -v /path/to/input/data:/data：挂载本地输入数据目录到容器内/data路径
• -v /path/to/output:/output：挂载本地输出目录到容器内/output路径
• --fastq：指定输入FASTQ文件路径（根据输入类型可替换为--fasta、--bam等）
• --outdir：指定输出报告目录
• --prefix：指定输出文件前缀

常用配置选项

• --summary：使用sequencing_summary.txt作为输入（MinION/GridION数据推荐）
• --length：仅展示长度大于指定值的读段（如--length 1000）
• --quality：仅展示质量分数高于指定值的读段（如--quality 10）
• --format：指定输出图像格式（png/pdf/svg，默认png）
• --interactive：生成可交互的HTML报告

示例：使用sequencing_summary.txt生成报告

bash
docker run -v $(pwd):/data nanoplot:1.25.0 \
  --summary /data/sequencing_summary.txt \
  --outdir /data/nanoplot_summary \
  --prefix minion_run \
  --interactive

许可证信息

本镜像遵循GPLv3许可证，详细条款参见GNU General Public License v3.0。

更多信息

• 项目主页：https://github.com/wdecoster/NanoPlot
• 详细文档：Dockerwiki