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Prodigal Docker镜像文档

镜像概述

本镜像包含Prodigal v2.6.3-1，这是一款用于原核生物（细菌和古菌）蛋白质编码基因预测的工具。Prodigal由Oak Ridge National Laboratory开发，以其高效性和准确性广泛应用于基因组学研究。本镜像遵循GPLv3许可证，维护者为Christian。

核心功能与特性

• 原核生物基因预测：专门针对细菌和古菌基因组设计，准确识别蛋白质编码基因
• 自动训练模式：可自动从输入序列中学习基因组特征，无需手动提供训练集
• 高效处理：支持对大型基因组序列进行快速分析
• 输出格式多样：可生成多种标准格式结果，便于后续分析（如GenBank、GFF3等）

使用场景与适用范围

• 微生物基因组注释流程
• 原核生物新基因组的基因结构预测
• 比较基因组学研究中的基因识别
• 宏基因组数据分析中的基因预测

使用方法与配置说明

基本使用（docker run）

bash
docker run --rm -v /path/to/input:/input -v /path/to/output:/output prodigal:2.6.3-1 -i /input/genome.fasta -o /output/genes.gbk

参数说明：

• -i：输入基因组FASTA文件路径（必需）
• -o：输出基因预测结果文件路径（默认格式为GenBank）
• -f：指定输出格式，可选值包括gbk（GenBank）、gff（GFF3）、sco（Simple Coordinates）
• -p：指定序列类型，single（单个基因组，默认）或meta（宏基因组）

详细配置示例

生成GFF3格式输出：

bash
docker run --rm -v $(pwd):/data prodigal:2.6.3-1 -i /data/input.fasta -o /data/output.gff -f gff

宏基因组模式分析：

bash
docker run --rm -v $(pwd):/data prodigal:2.6.3-1 -i /data/meta.fasta -o /data/meta_genes.gbk -p meta

许可证信息

本镜像遵循GPLv3许可证，详细信息参见GPLv3官方文档。

更多信息

• 官方网站：[***]
• Dockerwiki文档：version_control.html