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RAxML v8.2.12 Docker镜像文档

镜像概述

本镜像包含RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) v8.2.12版本，这是一款广泛使用的系统发育分析工具。镜像由Christian维护，遵循GPL许可证，主要用于通过最大似然法推断系统发育关系。更多详细信息可参考官方文档。

核心功能与特性

• 最大似然法分析：提供高效的最大似然法系统发育树构建算法
• 序列类型支持：兼容DNA、蛋白质等多种生物序列数据
• 进化模型：支持多种核苷酸和氨基酸替换模型（如GTR、WAG等）
• 计算优化：包含多线程版本（如raxmlHPC-PTHREADS），支持并行计算加速

使用场景

• 进化生物学研究中的系统发育关系推断
• 物种分类与进化历史分析
• 基因组/蛋白质序列的进化模型评估
• 大规模序列数据集的系统发育树构建

使用方法与配置说明

基本使用（Docker Run命令）

通过挂载本地数据目录，可将输入文件传递给容器内的RAxML工具：

bash
docker run -v /本地数据目录:/data docker.xuanyuan.run/christian/raxml:8.2.12 raxmlHPC -s /data/输入序列文件.phy -n 输出前缀 -m 进化模型

参数说明：

• -v /本地数据目录:/data：将本地数据目录挂载到容器内的/data目录，实现文件共享
• raxmlHPC：RAxML的单线程执行程序（多线程版本可使用raxmlHPC-PTHREADS）
• -s：指定输入序列文件（需为PHYLIP或FASTA格式）
• -n：指定输出文件前缀
• -m：指定进化模型（如GTRGAMMA表示GTR模型+Gamma分布速率异质性）

多线程运行示例

使用多线程版本加速分析（假设本地数据目录为/home/user/phy_data）：

bash
docker run -v /home/user/phy_data:/data docker.xuanyuan.run/christian/raxml:8.2.12 raxmlHPC-PTHREADS -T 4 -s /data/align.phy -n tree_result -m PROTGAMMAWAG -p 12345

参数说明：

• -T 4：指定使用4个线程
• -m PROTGAMMAWAG：使用蛋白质WAG模型+Gamma分布
• -p 12345：设置随机数种子，确保结果可重复

许可证信息

本镜像遵循GPL (GNU General Public License) 许可证，详细条款请参见GPL官方文档。