nanozoo/raxml-ng

raxml-ng Docker镜像文档

镜像概述

本镜像包含raxml-ng v0.9.0版本，基于GitHub项目https://github.com/amkozlov/raxml-ng%E6%9E%84%E5%BB%BA%E3%80%82raxml-ng%E6%98%AF%E4%B8%80%E6%AC%BE%E9%AB%98%E6%95%88%E7%9A%84%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E5%8F%91%E8%82%B2%E5%88%86%E6%9E%90%E5%B7%A5%E5%85%B7%EF%BC%8C%E4%B8%93%E6%B3%A8%E4%BA%8E%E9%80%9A%E8%BF%87%E6%9C%80%E5%A4%A7%E4%BC%BC%E7%84%B6%E6%B3%95%EF%BC%88Maximum Likelihood, ML）推断进化树，广泛应用于进化生物学和生物信息学领域。

• 维护者：Christian
• 许可证：AGPL / AGPL-3
• 文档参考：Dockerwiki

核心功能与特性

1. 最大似然法树推断：支持基于DNA、蛋白质和二进制数据的进化树构建，提供高准确性的系统发育分析结果。
2. 高效计算：优化了算法实现，支持多线程并行计算，提升大规模数据集的处理效率。
3. 模型支持：内置多种进化模型（如GTR、WAG等），满足不同数据类型和分析需求。
4. 可靠性分析：支持bootstrap、jackknife等方法评估树的可靠性。
5. 兼容性：兼容RAxML的输入格式，便于现有工作流迁移。

使用场景与适用范围

• 进化生物学研究：物种间或种群间的系统发育关系推断。
• 生物信息学分析：基因组、转录组等多组学数据的进化树构建。
• 教学与科研：系统发育分析方法的实践与验证。
• 大规模数据集处理：需要高效并行计算能力的复杂系统发育分析任务。

使用方法与配置说明

基本使用

通过docker run命令运行镜像，需挂载本地数据目录以实现输入文件读取和输出结果保存。

查看帮助信息

bash
docker run --rm nanozoo/raxml-ng:0.9.0 raxml-ng --help

基本分析示例（DNA数据）

假设本地数据目录为./data，包含输入文件alignment.phy（PHYLIP格式）：

bash
docker run --rm -v $(pwd)/data:/data nanozoo/raxml-ng:0.9.0 \
  raxml-ng --msa /data/alignment.phy --model GTR+G --threads 4 --prefix /data/result

• 参数说明：
  • --msa：指定输入多序列比对文件路径（需位于挂载的/data目录）。
  • --model：指定进化模型（如GTR+G表示GTR模型+伽马分布速率异质性）。
  • --threads：设置并行计算线程数。
  • --prefix：指定输出结果前缀（结果文件将保存在/data目录下，命名为result.*）。

高级配置

可靠性分析（Bootstrap）

bash
docker run --rm -v $(pwd)/data:/data nanozoo/raxml-ng:0.9.0 \
  raxml-ng --msa /data/alignment.phy --model GTR+G --threads 4 --prefix /data/boot \
  --bootstrap --bs-trees 100

• --bootstrap：启用bootstrap分析。
• --bs-trees：指定bootstrap重复次数（如100次）。

使用已有树进行优化

bash
docker run --rm -v $(pwd)/data:/data nanozoo/raxml-ng:0.9.0 \
  raxml-ng --msa /data/alignment.phy --model GTR+G --threads 4 --prefix /data/optimize \
  --tree /data/initial_tree.tre --opt-model --opt-branches

• --tree：指定初始树文件路径。
• --opt-model：优化模型参数。
• --opt-branches：优化分支长度。

输出文件说明

分析完成后，/data目录下将生成以下主要文件：

• <prefix>.raxml.bestTree：最优似然树（Newick格式）。
• <prefix>.raxml.log：分析日志，包含模型参数、似然值等信息。
• <prefix>.raxml.bootstraps（若启用bootstrap）：bootstrap树集合。

注意事项

• 输入文件需符合raxml-ng支持的格式（如PHYLIP、FASTA等），具体可参考https://github.com/amkozlov/raxml-ng%E3%80%82
• 大规模数据集分析建议增加--threads参数以充分利用计算资源。
• 镜像遵循AGPL-3许可证，使用时需遵守开源协议要求。