nanozoo/shovill

Shovill Docker镜像文档

镜像概述

• 维护者：Christian
• 版本：v1.0.9
• 许可证：GPL2
• 项目来源：https://github.com/tseemann/shovill
• 文档参考：Dockerwiki

该镜像为Shovill工具的容器化版本，Shovill是一款专注于细菌基因组组装的工具，旨在简化短读长测序数据（如Illumina平台数据）的基因组组装流程，通过集成主流组装器实现自动化分析。

核心功能与特性

• 多组装器集成：内置SPAdes、Velvet、SKESA等多种主流基因组组装工具，支持灵活选择
• 自动化流程：从原始测序数据到组装结果的全流程自动化，减少手动干预
• 数据兼容性：支持Illumina等平台的短读长测序数据（FASTQ格式），兼容单端/双端数据
• 质量控制：包含序列质量评估与过滤步骤，提升组装结果可靠性
• 容器化优势：通过Docker封装，确保环境一致性，简化部署与跨平台使用

使用场景与适用范围

• 微生物基因组学研究：细菌基因组的从头组装与分析
• 临床微生物学：快速处理临床样本中的细菌基因组数据
• 公共卫生监测：病原体基因组的快速组装与特征分析
• 教学与科研：基因组组装方法的实践教学与流程验证

使用方法与配置说明

基本使用（docker run）

bash
docker run --rm -v /本地输入目录:/input -v /本地输出目录:/output shovill:1.0.9 \
  --input /input/reads.fastq \  # 输入FASTQ格式测序数据
  --output /output/assembly \   # 输出组装结果目录
  [其他参数]

参数说明：

• --rm：容器运行结束后自动删除
• -v /本地输入目录:/input：挂载本地输入目录至容器内/input
• -v /本地输出目录:/output：挂载本地输出目录至容器内/output

常用参数

Shovill支持多种功能参数（完整列表见https://github.com/tseemann/shovill%EF%BC%89%EF%BC%8C%E6%A0%B8%E5%BF%83%E5%8F%82%E6%95%B0%E5%8C%85%E6%8B%AC%EF%BC%9A

docker-compose配置示例

yaml
version: '3'
services:
  shovill_assembly:
    image: shovill:1.0.9
    volumes:
      - ./local_input:/input    # 本地输入目录映射
      - ./local_output:/output  # 本地输出目录映射
    command: >
      --input /input/sample_R1.fastq /input/sample_R2.fastq  # 双端数据输入
      --output /output/result                                # 结果输出目录
      --assembler spades                                     # 使用SPAdes组装器
      --threads 16                                           # 16线程运行

注意事项

• 输入数据需为FASTQ格式，双端数据需指定两个文件路径
• 挂载目录需保证本地目录具备读写权限，避免权限错误
• 线程数配置应根据宿主机CPU核心数调整，避免资源过载
• 详细功能与高级配置请参考官方文档或Dockerwiki说明