nanozoo/sourmash Docker Image Overview

nanozoo/sourmash

nanozoo

基于sourmash vv2.0.1的Docker镜像，用于快速比较基因组序列，维护者Christian，许可证BSD-3-Clause public-domain，详细文档见Dockerwiki。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：nanozoo仓库类型：镜像最近更新：1 年前

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概述

sourmash是一款用于快速比较基因组、宏基因组及转录组序列的生物信息学工具，通过计算基因组哈希值（minhash sketches）实现高效序列相似性分析。本Docker镜像基于sourmash vv2.0.1版本构建，源码来源于官方GitHub仓库（[***]

维护者

Christian

Dockerwiki

详细文档可参考：version_control.html

许可证

采用BSD-3-Clause public-domain许可证，允许自由使用、修改和分发。

版本信息

镜像包含sourmash vv2.0.1版本。

Docker部署方案示例

拉取镜像（假设镜像名称为nanozoo/sourmash:vv2.0.1）： docker pull nanozoo/sourmash:vv2.0.1
运行容器并执行基础命令（如查看帮助）： docker run --rm nanozoo/sourmash:vv2.0.1 sourmash --help

minimap2 v2.17 Docker镜像，提供高效的DNA/RNA序列比对功能，支持长读长和短读长数据，适用于基因组学和生物信息学领域的序列比对分析。

用于从基因组数据中快速查找抗生素耐药基因、毒力因子及质粒复制子等特定基因的工具，支持多种数据库，适用于微生物基因组分析。

NanoPlot v1.25.0是一款用于纳米孔测序数据质量控制和可视化的工具，可生成多种统计图表，帮助分析测序数据的质量、长度分布及其他关键指标。

Flye是一个用于长读长测序数据的基因组组装工具，特别适用于PacBio和Oxford Nanopore技术生成的数据，能够高效组装复杂基因组。

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9 个月前更新

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