nanozoo/treetime

镜像概述

本Docker镜像基于https://github.com/neherlab/treetime%E9%A1%B9%E7%9B%AE%E6%9E%84%E5%BB%BA%EF%BC%8C%E7%89%88%E6%9C%AC%E4%B8%BAv0.6.3%EF%BC%8C%E9%81%B5%E5%BE%AAMIT%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82TreeTime%E6%98%AF%E4%B8%80%E6%AC%BE%E4%B8%93%E6%B3%A8%E4%BA%8E%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E5%8F%91%E8%82%B2%E6%A0%91%E6%97%B6%E9%97%B4%E6%A0%A1%E5%87%86%E5%92%8C%E8%BF%9B%E5%8C%96%E5%88%86%E6%9E%90%E7%9A%84%E5%B7%A5%E5%85%B7%EF%BC%8C%E5%8F%AF%E9%80%9A%E8%BF%87%E5%BA%8F%E5%88%97%E6%95%B0%E6%8D%AE%E4%B8%8E%E6%97%B6%E9%97%B4%E4%BF%A1%E6%81%AF%E7%BB%93%E5%90%88%EF%BC%8C%E6%8E%A8%E6%96%AD%E8%BF%9B%E5%8C%96%E9%80%9F%E7%8E%87%E3%80%81%E5%88%86%E5%8C%96%E6%97%B6%E9%97%B4%E5%8F%8A%E6%9E%84%E5%BB%BA%E5%85%B7%E6%9C%89%E6%97%B6%E9%97%B4%E7%BB%B4%E5%BA%A6%E7%9A%84%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E5%8F%91%E8%82%B2%E6%A0%91%EF%BC%8C%E4%B8%BA%E8%BF%9B%E5%8C%96%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%8F%90%E4%BE%9B%E9%87%8F%E5%8C%96%E5%88%86%E6%9E%90%E6%94%AF%E6%8C%81%E3%80%82

维护者：Christian
许可证：MIT
项目文档：version_control.html

核心功能和特性

• 时间校准：基于序列数据和采样时间信息，校准系统发育树的分支时间，推断节点分化时间
• 进化速率估计：支持多种分子钟模型（如严格分子钟、松弛分子钟），估算序列进化速率
• 时间结构化树构建：生成包含时间维度的系统发育树，直观展示进化历史中的时间关系
• 输入兼容性：支持常见序列格式（FASTA）、树文件格式（Newick）及日期数据（CSV/TSV）
• 结果输出：提供校准后的树文件、进化速率报告及可视化数据，支持后续分析与展示

使用场景和适用范围

• 病毒进化研究：分析病毒（如流感、新冠病毒）的进化路径、传播时间及变异速率
• 流行病学调查：结合病原体基因组数据，追溯传播链及估算暴发时间
• 进化生物学研究：推断物种或种群的分化时间、进化历史及适应性进化过程
• 分子生态学：分析微生物群落的进化动态及环境适应性演变

使用方法和配置说明

基础使用流程

1. 准备输入文件

   • 序列文件（FASTA格式）：包含研究对象的基因/基因组序列
   • 树文件（Newick格式）：初始系统发育树（可选，若未提供将自动构建）
   • 日期文件（CSV/TSV格式）：包含序列ID及对应采样日期（格式：id,date）

2. 运行容器
   通过挂载本地数据目录，执行TreeTime核心命令：

   bash
   docker run -v /本地数据路径:/data treetime:0.6.3 treetime \
     --aln /data/sequences.fasta \  # 序列文件路径
     --tree /data/tree.nwk \        # 初始树文件路径（可选）
     --dates /data/dates.csv \      # 日期数据文件路径
     --outdir /data/results         # 结果输出目录
   

关键参数说明

结果文件说明

运行后在指定输出目录（--outdir）生成以下文件：

• timetree.nwk：校准后的时间结构化系统发育树（Newick格式）
• rate_estimates.txt：进化速率估算结果报告
• node_dates.csv：各节点分化时间及置信区间数据
• visualization.pdf：结果可视化图表（树结构与时间轴）

高级配置示例

自定义分子钟模型与进化速率先验

bash
docker run -v /本地数据路径:/data treetime:0.6.3 treetime \
  --aln /data/sequences.fasta \
  --tree /data/tree.nwk \
  --dates /data/dates.csv \
  --clock relaxed \  # 使用松弛分子钟模型
  --rate 1e-3 \      # 设置进化速率先验（每位点每年）
  --outdir /data/results_relaxed

无初始树时自动构建并校准

bash
docker run -v /本地数据路径:/data treetime:0.6.3 treetime \
  --aln /data/sequences.fasta \
  --dates /data/dates.csv \
  --outdir /data/auto_tree_results  # 自动构建树并校准