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Repository for the NBIS metagenomics workflow

1 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：nbisweden仓库类型：镜像最近更新：5 年前

让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明 · 点击收起说明

如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。

只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：

请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：

https://xuanyuan.cloud/agents.md

在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。

查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。若 AI 无法访问外链，可打开说明文档复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。

镜像标签列表与下载命令

NBIS-Metagenomics

A workflow for metagenomic projects

https://img.shields.io/badge/python-3.7.6-brightgreen.svg](https://www.python.org/downloads/release/python-376/) https://img.shields.io/badge/snakemake-5.11.2-brightgreen.svg](https://img.shields.io/badge/snakemake-5.11.2) !https://github.com/NBISweden/nbis-meta/workflows/CI/badge.svg?branch=main !https://img.shields.io/docker/pulls/nbisweden/nbis-meta https://img.shields.io/badge/pre--commit-enabled-brightgreen?logo=pre-commit&logoColor=white](https://github.com/pre-commit/pre-commit)

Overview

A http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/ workflow for paired- and/or single-end whole-genome shotgun metagenomic data.

You can use this workflow for e.g.:

read-trimming and QC
taxonomic classification
assembly
functional and taxonomic annotation
metagenomic binning

See the https://github.com/NBISweden/nbis-meta/wiki for instructions on how to run the workflow.

Installation

From GitHub

Checkout the latest version:

git clone https://github.com/NBISweden/nbis-meta.git

or download a tarball of the latest release from the https://github.com/NBISweden/nbis-meta/releases.

Install and activate the workflow environment:

conda env create -f environment.yml
conda activate nbis-meta

From DockerHub

To pull the latest Docker image with all dependencies and source code from DockerHub, run:

bash
docker pull nbisweden/nbis-meta

See the Wiki for instructions on how to run the Workflow with Docker.

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 nbis-meta 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/nbisweden/nbis-meta:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull nbisweden/nbis-meta:<标签>

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