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nfcore/sarek
nfcore
nf-core/sarek的Docker容器，提供基于Nextflow的开源分析管道，用于从全基因组或靶向测序数据中检测生殖系或体细胞变异，支持人类、小鼠等物种，通过容器化确保分析结果的高度可重现性。
2 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：nfcore仓库类型：镜像最近更新：4 年前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明
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nf-core/sarek Docker镜像
镜像概述和主要用途
Sarek是一个用于从全基因组或靶向测序数据中检测变异的开源工作流，最初设计用于人类和小鼠，也可适用于任何具有参考基因组的物种。该工作流支持肿瘤/正常样本对分析，还可包含额外的复发样本。基于Nextflow构建，通过Docker容器实现跨计算架构的可移植性，并确保安装简便和结果高度可重现。
核心功能和特性
- 测序质量控制：使用FastQC评估原始测序数据质量
- 参考基因组比对：通过BWA mem将测序reads高效比对到参考基因组
- 重复序列标记：利用GATK MarkDuplicatesSpark识别并标记PCR重复序列
- 碱基质量校准：通过GATK BaseRecalibrator和ApplyBQSR进行碱基质量分数校正
- 预处理质量控制：使用samtools stats和Qualimap bamqc评估比对后BAM文件质量
- 流程运行总结：通过MultiQC整合所有质量控制和分析结果，生成综合报告
使用场景和适用范围
- 全基因组测序（WGS）数据的变异检测
- 靶向测序数据的变异检测
- 生殖系变异检测分析
- 体细胞变异检测分析
- 肿瘤/正常样本对的比较分析
- 支持人类、小鼠及其他具有参考基因组的物种
使用方法和配置说明
前提条件
- 安装Nextflow（版本≥20.04.0）：Nextflow安装指南
- 安装Docker引擎：Docker安装文档
快速测试
使用最小测试数据集验证管道功能：
bashnextflow run nf-core/sarek -profile test,docker
若您的机构提供nf-core自定义配置文件，可使用
-profile <institute>替代，例如：-profile test,your_institute，自动配置本地计算环境。
运行正式分析
使用自定义数据运行完整分析流程：
bashnextflow run nf-core/sarek -profile docker --input '样本表格.tsv' --genome GRCh38
主要配置参数
| 参数 | 描述 | 示例 |
|---|---|---|
--input | 输入样本表格文件路径（TSV格式） | --input 'samples.tsv' |
--genome | 参考基因组名称 | --genome GRCh38（人类）或--genome mm10（小鼠） |
--targetBED | 靶向测序区域BED文件（仅靶向测序时使用） | --targetBED 'target_regions.bed' |
--outdir | 输出结果目录 | --outdir ./sarek_results |
样本表格格式要求
输入TSV文件需包含以下列（至少）：
patient：患者IDsample：样本IDsex：性别（male/female/other）status：样本状态（tumor/normal）fastq_1：R1测序文件路径fastq_2：R2测序文件路径（双端测序时）
文档与支持
- 完整使用文档：nf-core/sarek官方文档
- 输出文件说明：结果文件解释
- 社区支持：Slack
#sarek频道（通过此链接加入）
引用
使用本镜像进行分析时，请引用：
Garcia M, Juhos S, Larsson M et al. Sarek: A portable workflow for whole-genome sequencing analysis of germline and somatic variants [version 2; peer review: 2 approved] F1000Research 2020, 9:63 doi: 10./f1000research..2.
同时引用nf-core框架：
The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines.
Philip Ewels, Alexander Peltzer, Sven Fillinger, Harshil Patel, Johannes Alneberg, Andreas Wilm, Maxime Ulysse Garcia, Paolo Di Tommaso & Sven Nahnsen.
Nat Biotechnol. 2020 Feb 13. doi: 10.1038/s41587-020-0439-x.
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull nfcore/sarek:<标签>
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镜像拉取常见问题
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"