nfcore/vipr
nfcore
自动构建
这是一个基于Nextflow构建的生物信息学最佳实践分析pipeline的Docker容器，用于病毒样本的组装及宿主内/低频变异检测，支持容器化部署以确保结果可重复和安装便捷。
下载次数: 0状态：自动构建维护者：nfcore仓库类型：镜像最近更新：7 年前
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nf-core/vipr
镜像概述
nf-core/vipr是遵循生物信息学最佳实践的分析pipeline容器，专注于病毒样本的组装及宿主内/低频变异检测。该pipeline基于Nextflow构建，可跨多种计算架构运行，通过Docker/Singularity容器实现安装零配置且结果高度可重复。
核心功能
pipeline包含以下关键步骤：
- 读段处理与质控：使用Skewer修剪、合并读段对，FastQC评估数据质量
- 去污染：通过decont工具去除非目标序列污染
- 宏基因组分类：利用Kraken分析样本纯度与物种组成
- Contig组装：使用BBtools的Tadpole生成组装序列
- 组装抛光：通过ViPR Tools优化组装准确性
- 序列比对：使用BWA和LoFreq将原始读段比对到组装序列
- 低频变异检测：通过LoFreq识别低频率变异位点
- 可视化分析：利用Bedtools和ViPR Tools生成覆盖度与变异频率图表
使用场景
适用于病毒基因组研究、流行病学监测、病毒变异进化分析等场景，帮助研究人员高效处理病毒样本数据，获取可靠的组装与变异结果。
配置与部署说明
依赖要求
- Nextflow版本≥0.31.1
- Docker或Singularity容器环境
部署示例
使用Nextflow结合Docker容器运行pipeline：
bashnextflow run nfcore/vipr \ -profile docker \ --input samplesheet.csv \ --outdir ./results
注：samplesheet.csv需包含样本ID、读段文件路径等信息；./results为结果输出目录。
更多文档参考：
- 安装与配置
- 运行指南
- 结果解读
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull nfcore/vipr:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"