omicsclass/r-server

omicsclass/r-server Docker镜像文档

镜像概述

本镜像集成了RStudio Server和R 4.0.3环境，并预装了大量生物信息数据分析相关的R包。旨在为生物信息学研究者提供便捷、无需手动配置依赖的分析环境，尤其适用于解决R包安装困难的问题。如有使用问题，可访问[***]

核心功能与特性

• 完整的RStudio Server环境：提供Web界面的R开发平台，支持代码编写、运行及结果可视化
• 稳定的R版本：基于R 4.0.3构建，确保分析结果的一致性
• 丰富的生物信息R包：预装数百个常用生物信息学分析包，包括但不限于：
  • 差异表达分析：DESeq2、edgeR、limma
  • 功能富集分析：clusterProfiler、DOSE、GOSemSim
  • 数据可视化：ggplot2、pheatmap、ggpubr
  • 高通量数据处理：Biobase、GenomicRanges、SummarizedExperiment
  • 单细胞分析：Seurat
• 持续更新：预装R包版本持续维护更新
• 便捷部署：通过Docker快速启动，无需复杂环境配置

使用场景

• 生物信息学数据分析（转录组、基因组、甲基化等组学数据）
• R包安装困难或依赖冲突的场景
• 教学、培训环境中快速搭建标准化R分析平台
• 科研团队内部共享一致的分析环境

使用方法与配置说明

基本运行命令

bash
docker run --rm -v D:\data:/work -w /work -d --privileged -p 8787:8787 omicsclass/r-server:latest

参数说明：

• --rm：容器退出后自动删除
• -v D:\data:/work：将本地目录（如D:\data）挂载到容器内的/work目录，实现数据持久化
• -w /work：设置工作目录为/work
• -d：后台运行容器
• --privileged：赋予容器特权模式，确保RStudio Server正常运行
• -p 8787:8787：端口映射，将容器的8787端口映射到本地8787端口

访问方式

容器启动后，在本地浏览器中访问：
http://localhost:8787

默认登录凭据：

• 用户名：rstudio
• 密码：rstudio

数据持久化

通过-v参数挂载本地目录到容器的/work目录，可实现分析数据的持久化存储。例如，将本地/home/user/data目录挂载到容器：

bash
docker run --rm -v /home/user/data:/work -w /work -d --privileged -p 8787:8787 omicsclass/r-server:latest

预装R包及版本

镜像预装了数百个生物信息相关R包，版本持续更新。以下为部分核心包及版本（完整列表可在容器内通过sessionInfo()或installed.packages()查看）：

• survivalROC (1.0.3)
• abind (1.4-5)
• ade4 (1.7-16)
• affy (1.68.0)
• AnnotationDbi (1.52.0)
• Biobase (2.50.0)
• biomaRt (2.46.3)
• Biostrings (2.58.0)
• clusterProfiler (3.18.1)
• DESeq2 (1.30.1)
• edgeR (3.32.1)
• ggplot2 (3.3.3)
• limma (3.46.0)
• pheatmap (1.0.12)
• Seurat (4.0.2)
• SummarizedExperiment (1.20.0)
• WGCNA (1.70-3)