onchealthit/inferno-program

Inferno Program Edition

!https://raw.githubusercontent.com/onc-healthit/inferno/master/public/images/inferno_logo.png

![Build Status]([***]

ONC 21世纪治愈法案开放API认证测试

Inferno Program Edition是一款简化的测试工具，用于Health Level 7 (HL7®) Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR®)服务，旨在满足2015版治愈法案更新中《患者和人群服务标准化API》标准（§ 170.315(g)(10)）的要求。

Inferno Program Edition的工作方式类似于API消费者，通过发送一系列模拟真实客户端的HTTP请求，确保API支持所有必要标准，包括：

• FHIR Release 4.0.1
• FHIR US Core实施指南（IG）STU 3.1.1
• SMART应用启动框架实施指南Release 1.0.0
• HL7 FHIR批量数据访问（Flat FHIR）（v1.0.0: STU 1）

Inferno Program Edition是开源的，免费提供给健康IT社区使用或采用，包括EHR供应商、健康应用开发者和测试实验室。它可用作国家卫生信息技术协调员办公室（ONC）支持的EHR认证计划的测试工具。

Inferno Program Edition是开源https://github.com/onc-healthit/inferno FHIR测试工具的预配置定制版本，仅包含与ONC认证计划相关的测试和功能。有兴趣扩展或重用此开放测试能力以满足自身需求的用户，建议访问https://github.com/onc-healthit/inferno%E3%80%82

安装与部署

Inferno Program Edition设计为使用Docker运行，以确保在各种主机环境（包括Windows、Linux和MacOS）中执行的一致性。

1. 为宿主平台安装Docker以及docker-compose工具（如有必要）。Docker-compose可能已包含在Docker发行版中（如Windows和MacOS）。
2. 将https://github.com/onc-healthit/inferno-program/releases%E4%B8%8B%E8%BD%BD%E5%88%B0%E6%9C%AC%E5%9C%B0%E8%AE%A1%E7%AE%97%E6%9C%BA%E7%9A%84%E4%BB%BB%E6%84%8F%E7%9B%AE%E5%BD%95%E3%80%82
3. 在下载项目的目录中打开终端。
4. 运行命令docker-compose up --build启动服务器。这将自动构建Docker镜像并启动Inferno、HL7 FHIR验证器和NGINX Web服务器，适用于单用户环境。有关在多用户服务器环境中运行Inferno的信息，请参阅下文的在服务器环境中部署Inferno部分。
5. 导航至http://localhost:4567访问运行中的应用。

如果Docker镜像与底层系统不同步（例如，应用添加了新依赖项），需运行docker-compose up --build重建容器。

有关帮助，请查看https://github.com/onc-healthit/inferno/wiki/Troubleshooting%E3%80%82

术语支持

术语先决条件

为了验证术语，Inferno必须加载从统一医学语言系统（UMLS）生成的文件。UMLS由美国国家医学图书馆（NLM）分发，需要账户才能访问。

Inferno提供了一些rake任务简化此过程，并提供了Dockerfile和docker-compose文件，可在独立环境中创建验证器。

先决条件：

• UMLS账户
• 工作的Docker工具链，至少分配10GB RAM（Metathesaurus步骤需要8GB RAM用于Java进程）
  • 注意：Docker术语处理进程在Docker可用RAM不足10GB时不会运行。
• 宿主操作系统至少33GB可用磁盘空间，用于下载/解压缩/处理术语文件
  • 注意：此空间需分配在宿主上，因为Docker会将这些文件映射到宿主，以便在专用术语容器中构建。
• Inferno仓库副本，包含所需的Docker和Ruby文件

可通过以下命令预构建术语Docker容器：

sh
docker-compose -f terminology_compose.yml build

容器构建完成后，需从NIH网站下载UMLS zip文件。这是因为UMLS登录现在需要使用联合登录提供程序，如Google、Microsoft或[***]

为此，下载[***]

有关UTS登录流程变更的更多信息，请访问[***]

文件准备就绪后，可按以下顺序运行术语创建任务：

sh
docker-compose -f terminology_compose.yml up

这将按顺序运行术语创建步骤。这些任务可能需要数小时。如果创建任务在进行中被取消并重新启动，它将从最后一个已完成步骤后重新开始。中间文件保存到运行Docker Compose作业的Inferno仓库的tmp/terminology中，验证器保存到resources/terminology/validators/bloom，供Inferno用于验证。

清理

术语构建完成后，应删除.env文件以从系统中移除UMLS用户名和密码。

可选地，可删除tmp/terminology/中的文件和文件夹以释放空间（它们大小为几GB）。如果打算重新运行术语构建器，可保留这些文件以加快未来的构建速度，因为构建器可以跳过初始下载/预处理步骤。

术语文件抽查

可使用以下rake命令抽查验证器，确保其正确安装：

ruby
bundle exec rake "terminology:check_code[91935009,http://snomed.info/sct, http://hl7.org/fhir/us/core/ValueSet/us-core-allergy-substance]"

应返回：

shell
X http://snomed.info/sct|91935009  is not in http://hl7.org/fhir/us/core/ValueSet/us-core-allergy-substance

以及

ruby
bundle exec rake "terminology:check_code[91935009,http://snomed.info/sct]"

应返回：

shell
✓ http://snomed.info/sct|91935009  is in http://snomed.info/sct

手动构建说明

如果基于您的架构，此Docker方法不可行，术语验证器的手动设置和创建记录在https://github.com/onc-healthit/inferno/wiki/Installing-Terminology-Validators#building-the-validators-without-docker%E3%80%82

UMLS数据源

UMLS Metathesaurus中的某些材料来自各自版权持有人的受版权保护的来源。UMLS Metathesaurus的用户对遵守任何版权、专利或商标限制负有全部责任，并请参考原始来源中出现的版权、专利或商标声明，所有这些声明在此通过引用并入。

  Bodenreider O. The Unified Medical Language System (UMLS): integrating biomedical terminology.
  Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(Database issue):D267-70. doi: 10.1093/nar/gkh061.
  PubMed PMID: ***; PubMed Central PMCID: PMC308795.

验证器服务

Inferno Program Edition使用https://github.com/inferno-community/fhir-validator-wrapper/%EF%BC%8C%E8%AF%A5%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E5%9C%A8%E5%8D%95%E7%8B%AC%E8%BF%9B%E7%A8%8B%E4%B8%AD%E8%BF%90%E8%A1%8C%EF%BC%8C%E7%94%A8%E4%BA%8E%E9%AA%8C%E8%AF%81%E4%BB%8E%E8%A2%AB%E6%B5%8B%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E6%8E%A5%E6%94%B6%E7%9A%84FHIR%E8%B5%84%E6%BA%90%E3%80%82%E4%BD%BF%E7%94%A8%E6%9C%AC%E4%BB%93%E5%BA%93%E7%9A%84%60docker-compose.yml%60%E9%80%9A%E8%BF%87Docker%E8%BF%90%E8%A1%8CInferno%E6%97%B6%EF%BC%8C%E9%AA%8C%E8%AF%81%E5%99%A8%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E4%BD%9C%E4%B8%BA%E5%8D%95%E7%8B%AC%E7%9A%84Docker%E5%AE%B9%E5%99%A8%E8%BF%90%E8%A1%8C%EF%BC%8C%E5%B9%B6%E9%80%9A%E8%BF%87RESTful API供Inferno使用。如果未使用Docker和docker-compose.yml运行Inferno，则必须单独运行验证器服务，并更新Inferno的config.yml以指向此服务。

在Docker中更新验证器服务

当Inferno更新到新版本时，偶尔需要新版本的验证器服务。如果使用本仓库的docker-compose.yml运行Inferno，新的验证器版本将通过Git更新后，在validator_service镜像声明中指定。

要下载与新版本关联的Docker文件，在Inferno目录中运行docker-compose pull。新文件下载完成后，可通过运行docker-compose down，然后docker-compose up --force-recreate更新版本。这将使用新服务版本重启Inferno和验证器服务。

在Docker外更新验证器服务

如果Inferno未在Docker中运行，必须手动更新验证器服务。有关如何在Docker外运行验证器服务的更多信息，请参见https://github.com/inferno-community/fhir-validator-wrapper%E3%80%82

在服务器环境中部署Inferno

Inferno的默认配置设计为轻量级，可在用户主机上运行。如果要运行Inferno的共享实例，可使用docker-compose.postgres.yml中提供的docker-compose配置，该配置将Inferno连接到Postgres数据库，以在同时运行多个测试时提供更高的稳定性。与使用SQLite存储的默认配置相比，此配置需要主机更高的资源利用率。

要运行此配置，使用docker-compose.postgres.yml文件：

sh
docker-compose -f docker-compose.postgres.yml up --build -d

要停止服务并销毁容器，运行：

sh
docker-compose -f docker-compose.postgres.yml down

此配置将在容器停止或销毁时保留数据。如果要清除数据库中的数据，并在下次应用启动时重新创建，可运行以下命令：

sh
docker-compose -f docker-compose.postgres.yml down
docker volume ls | grep inferno-pgdata # 列出活动卷
docker volume rm inferno-program_inferno-pgdata # 卷名称将以inferno-pgdata结尾

有关在生产环境中部署Inferno的另一个示例，请查看用于在[***] Program Edition、Inferno Community Edition和多个服务的https://github.com/onc-healthit/inferno.healthit.gov/blob/master/docker-compose.yml%E3%80%82

参考实现

虽然建议用户在本地安装Inferno，但Inferno的参考实现托管在[***]

希望在本地安装前试用Inferno的用户可使用该参考实现，但需注意数据库将定期刷新，不保证先前的测试运行会永久可用。

有关使用参考实现的示例，请参见wiki上的https://github.com/onc-healthit/inferno-program/wiki/Walkthrough%E3%80%82

支持的浏览器

Inferno已在最新版本的Chrome、Firefox、Safari和Edge上测试。目前不支持Internet Explorer。

单元测试

Inferno包含一组强大的自检，以确保测试客户端符合规范并按预期执行。要运行这些测试，执行以下命令：

sh
bin/run_tests.sh

检查和导出测试

测试编写得易于理解，即使对于不熟悉Ruby的人也是如此。可直接在https://github.com/onc-healthit/inferno-program/tree/master/lib/modules%E4%B8%AD%E6%9F%A5%E7%9C%8B%E6%B5%8B%E8%AF%95%E3%80%82

测试包含提供额外细节和标准可追溯性的元数据。可通过以下命令将活动测试和相关元数据导出为CSV格式并保存到testlist.csv文件：

sh
bundle exec rake inferno:tests_to_csv

可向任务提供参数以导出特定测试集或指定输出文件。

sh
bundle exec rake inferno:tests_to_csv[onc_program,all_tests.csv]

仅选择模块并使用默认组和文件名：

sh
bundle exec rake inferno:tests_to_csv[onc_program]

从命令行运行测试

Inferno提供两种通过命令行运行测试的方法：直接提供序列或运行自动化脚本。可通过docker-compose在Docker容器内运行这些命令，或在自己的环境中使用原生Ruby直接运行。建议使用docker-compose方法，因为它确保适当的验证服务已到位。

注意：此功能仍在开发中，我们正在收集有关功能和使用方式改进的反馈

直接运行测试

可通过rake任务从命令行运行测试序列，该任务接受要运行的序列（或多个序列）和服务器URL作为参数：

sh
docker-compose run inferno bundle exec rake db:create db:migrate inferno:execute[https://inferno.healthit.gov/reference-server/r4,onc_program,UsCoreR4CapabilityStatement,USCore311Patient]

运行自动化命令行界面脚本

对于参数传递不方便的复杂测试，Inferno提供使用包含参数的脚本驱动测试执行的能力。提供的./batch/inferno.healthit.gov.json展示了此脚本的示例及其使用方法。execute_batch任务运行脚本：

sh
docker-compose run inferno bundle exec rake db:create db:migrate inferno:execute_batch[./batch/inferno.healthit.gov.json]

Inferno还提供generate_script rake任务，提示用户输入一系列信息，然后用于生成脚本。用户需要提供要测试的FHIR服务器的URL和从中提取序列的模块名称。

sh
bundle exec rake db:create db:migrate inferno:generate_script[https://my-server.org/data,onc_program]

与持续集成系统一起使用

说明和示例可在https://github.com/onc-healthit/inferno/wiki/Using-with-Continuous-Integration-Systems%E6%89%BE%E5%88%B0%E3%80%82

联系我们

Inferno开发团队可通过电子邮件***联系。Inferno还有一个专用的HL7 FHIR聊天频道。

许可证

Copyright 2021 The MITRE Corporation

根据Apache License 2.0许可（"许可证"）；除非符合许可证，否则不得使用此文件。可在以下位置获取许可证副本：

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

除非适用***要求或书面同意，否则根据许可证分发的软件按"原样"分发，不提供任何明示或暗示的保证或条件。有关许可证下权限和限制的具体语言，请参见许可证。