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Medaka是ONT Research提供的工具，用于从纳米孔测序数据创建一致性序列和变异调用，通过神经网络处理reads的pileup，相比传统方法准确性更高且速度更快。
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Medaka
镜像概述和主要用途
medaka是一个从纳米孔测序数据创建一致性序列和变异调用的工具。该任务通过将神经网络应用于单个测序reads与草图组装的pileup来完成。它优于基于图的方法（针对碱基识别数据），且与最先进的基于信号的方法相比具有竞争力，同时速度更快。
© 2018- Oxford Nanopore Technologies Ltd.
核心功能和特性
- 仅需碱基识别数据（
.fasta或.fastq）。 - 比基于图的方法（如Racon）准确性更高。
- 比Nanopolish快50倍（可在GPU上运行）。
- 基准测试可参考此处。
- 包含用于实现和训练定制校正网络的额外功能。
- 支持Linux和MacOS操作系统。
- 开源（Mozilla Public License 2.0协议）。
使用场景和适用范围
Medaka适用于纳米孔测序数据的后续分析，特别是需要高准确性和快速处理的场景，例如基因组草图组装后的序列校正。对于创建草图组装，推荐配合使用Flye工具。完整文档可访问：[***]
详细使用方法和配置说明
Docker使用
源代码仓库包含Dockerfile，可用于创建GPU兼容的Docker容器镜像，该镜像包含运行medaka所需的适当CUDA和cuDNN库版本。镜像基于NVIDIA提供的镜像构建，设计用于配合NVIDIA Container Toolkit运行。
在主机上设置好该工具包后，可使用以下命令运行最新版本的medaka：
docker run --rm --gpus 0 ontresearch/medaka:latest medaka --help
（--gpus选项可根据您的环境适当修改）。同时提供版本化标签。
常见问题
轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？
免费版仅支持 Docker Hub 加速，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。
轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像？
免费版仅支持 docker.io；专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。
流量耗尽错误提示
当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。
410 错误问题
通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。
manifest unknown 错误
先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。
镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？
使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。
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