简介

开源平台openBIS - Open Biology Information System提供电子实验记录本和实验室信息管理系统(ELN-LIMS)解决方案，适用于学术生命科学和材料科学实验室。openBIS ELN-LIMS允许研究人员高效记录工作、描述材料与方法、收集原始及分析数据和分析脚本。该平台由苏黎世联邦理工学院科学IT服务部开发。

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标签

标签对应openBIS下载页面发布的openBIS版本。openBIS安装包部署在Ubuntu Linux的稳定(LTS)镜像上。我们特意不为任何版本提供"latest"、"production"或"stable"标签，以避免因可能引入的向后不兼容变更导致生产环境中断。所有openBIS运维人员在评估更新日志后，必须在其环境中指定发布版本。

镜像有两种标记方式：包含最新bug修复补丁的主要版本(如20.10.8、20.10.9等)，以及特定bug修复版本(如20.10.9.0、20.10.9.1等)。

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生产就绪版本

20.10.12

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20.10.11

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20.10.10

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20.10.9

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早期访问版本

6.8

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6.7

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文档

• OpenBIS Docker架构
• OpenBIS Docker使用方法
• OpenBIS Docker配置

快速启动

快速启动指南提供最小化、最简单的设置方式。完整文档包含更多选项、变量和示例。

创建虚拟网络：

$ docker network create openbis-network --driver bridge;

运行数据库容器：

$ docker run --detach \
  --name openbis-db \
  --hostname openbis-db \
  --network openbis-network \
  -v openbis-db-data:/var/lib/postgresql/data \
  -e POSTGRES_PASSWORD=mysecretpassword \
  -e PGDATA=/var/lib/postgresql/data/pgdata \
  postgres:15;

运行应用容器：

$ docker run --detach \
  --name openbis-app \
  --hostname openbis-app \
  --network openbis-network \
  --pid host \
  -p 8080:8080 \
  -p 8081:8081 \
  -v openbis-app-data:/data \
  -v openbis-app-etc:/etc/openbis \
  -v openbis-app-logs:/var/log/openbis \
  -e OPENBIS_ADMIN_PASS="***" \
  -e OPENBIS_DATA="/data/openbis" \
  -e OPENBIS_DB_ADMIN_PASS="mysecretpassword" \
  -e OPENBIS_DB_ADMIN_USER="postgres" \
  -e OPENBIS_DB_APP_PASS="mysecretpassword" \
  -e OPENBIS_DB_APP_USER="openbis" \
  -e OPENBIS_DB_HOST="openbis-db" \
  -e OPENBIS_ETC="/etc/openbis" \
  -e OPENBIS_HOME="/home/openbis" \
  -e OPENBIS_LOG="/var/log/openbis" \
  -e OPENBIS_FQDN="local.openbis.ch" \
  openbis/openbis-app:[RELEASE TAG HERE];

运行本地入口容器：

$ docker run --detach \
  --name openbis-ingress \
  --hostname openbis-ingress \
  --network openbis-network \
  --pid host \
  -p 443:443 \
  -e OPENBIS_HOST="openbis-app" \
  openbis/openbis-local:latest;

验证连接：

$ curl -v [***]

许可证

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