openbis/openbis-app

简介

开源平台openBIS - Open Biology Information System提供电子实验记录本和实验室信息管理系统(ELN-LIMS)解决方案，适用于学术生命科学和材料科学实验室。openBIS ELN-LIMS允许研究人员高效记录工作、描述材料与方法、收集原始及分析数据和分析脚本。该平台由苏黎世联邦理工学院科学IT服务部开发。

!https://img.shields.io/docker/pulls/openbis/openbis-app

标签

标签对应openBIS下载页面发布的openBIS版本。openBIS安装包部署在https://hub.docker.com/_/ubuntu%E7%9A%84%E7%A8%B3%E5%AE%9A(LTS)%E9%95%9C%E5%83%8F%E4%B8%8A%E3%80%82%E6%88%91%E4%BB%AC%E7%89%B9%E6%84%8F%E4%B8%8D%E4%B8%BA%E4%BB%BB%E4%BD%95%E7%89%88%E6%9C%AC%E6%8F%90%E4%BE%9B%22latest%22%E3%80%81%22production%22%E6%88%96%22stable%22%E6%A0%87%E7%AD%BE%EF%BC%8C%E4%BB%A5%E9%81%BF%E5%85%8D%E5%9B%A0%E5%8F%AF%E8%83%BD%E5%BC%95%E5%85%A5%E7%9A%84%E5%90%91%E5%90%8E%E4%B8%8D%E5%85%BC%E5%AE%B9%E5%8F%98%E6%9B%B4%E5%AF%BC%E8%87%B4%E7%94%9F%E4%BA%A7%E7%8E%AF%E5%A2%83%E4%B8%AD%E6%96%AD%E3%80%82%E6%89%80%E6%9C%89openBIS%E8%BF%90%E7%BB%B4%E4%BA%BA%E5%91%98%E5%9C%A8%E8%AF%84%E4%BC%B0%E6%9B%B4%E6%96%B0%E6%97%A5%E5%BF%97%E5%90%8E%EF%BC%8C%E5%BF%85%E9%A1%BB%E5%9C%A8%E5%85%B6%E7%8E%AF%E5%A2%83%E4%B8%AD%E6%8C%87%E5%AE%9A%E5%8F%91%E5%B8%83%E7%89%88%E6%9C%AC%E3%80%82

镜像有两种标记方式：包含最新bug修复补丁的主要版本(如20.10.8、20.10.9等)，以及特定bug修复版本(如20.10.9.0、20.10.9.1等)。

https://hub.docker.com/r/openbis/openbis-app/tags

生产就绪版本

20.10.12

!https://img.shields.io/docker/v/openbis/openbis-app/20.10.12 !https://img.shields.io/docker/image-size/openbis/openbis-app/20.10.12?arch=amd64

20.10.11

!https://img.shields.io/docker/v/openbis/openbis-app/20.10.11 !https://img.shields.io/docker/image-size/openbis/openbis-app/20.10.11?arch=amd64

20.10.10

!https://img.shields.io/docker/v/openbis/openbis-app/20.10.10 !https://img.shields.io/docker/image-size/openbis/openbis-app/20.10.10?arch=amd64

20.10.9

!https://img.shields.io/docker/v/openbis/openbis-app/20.10.9 !https://img.shields.io/docker/image-size/openbis/openbis-app/20.10.9?arch=amd64

早期访问版本

6.8

!https://img.shields.io/docker/v/openbis/openbis-app/6.8 !https://img.shields.io/docker/image-size/openbis/openbis-app/6.8?arch=amd64

6.7

!https://img.shields.io/docker/v/openbis/openbis-app/6.7 !https://img.shields.io/docker/image-size/openbis/openbis-app/6.7?arch=amd64

文档

• https://openbis.readthedocs.io/en/latest/system-documentation/docker/architecture.html
• https://openbis.readthedocs.io/en/latest/system-documentation/docker/usage.html
• https://openbis.readthedocs.io/en/latest/system-documentation/docker/configuration.html

快速启动

快速启动指南提供最小化、最简单的设置方式。完整文档包含更多选项、变量和示例。

创建虚拟网络：

$ docker network create openbis-network --driver bridge;

运行数据库容器：

$ docker run --detach \
  --name openbis-db \
  --hostname openbis-db \
  --network openbis-network \
  -v openbis-db-data:/var/lib/postgresql/data \
  -e POSTGRES_PASSWORD=mysecretpassword \
  -e PGDATA=/var/lib/postgresql/data/pgdata \
  postgres:15;

运行应用容器：

$ docker run --detach \
  --name openbis-app \
  --hostname openbis-app \
  --network openbis-network \
  --pid host \
  -p 8080:8080 \
  -p 8081:8081 \
  -v openbis-app-data:/data \
  -v openbis-app-etc:/etc/openbis \
  -v openbis-app-logs:/var/log/openbis \
  -e OPENBIS_ADMIN_PASS="123456789" \
  -e OPENBIS_DATA="/data/openbis" \
  -e OPENBIS_DB_ADMIN_PASS="mysecretpassword" \
  -e OPENBIS_DB_ADMIN_USER="postgres" \
  -e OPENBIS_DB_APP_PASS="mysecretpassword" \
  -e OPENBIS_DB_APP_USER="openbis" \
  -e OPENBIS_DB_HOST="openbis-db" \
  -e OPENBIS_ETC="/etc/openbis" \
  -e OPENBIS_HOME="/home/openbis" \
  -e OPENBIS_LOG="/var/log/openbis" \
  -e OPENBIS_FQDN="local.openbis.ch" \
  openbis/openbis-app:[RELEASE TAG HERE];

运行本地入口容器：

$ docker run --detach \
  --name openbis-ingress \
  --hostname openbis-ingress \
  --network openbis-network \
  --pid host \
  -p 443:443 \
  -e OPENBIS_HOST="openbis-app" \
  openbis/openbis-local:latest;

验证连接：

$ curl -v https://local.openbis.ch/openbis/webapp/eln-lims/version.txt

许可证

版权所有2007-2025 ETH Zurich Scientific IT Services

根据Apache许可证2.0版（"许可证"）授权；除非遵守许可证，否则您不得使用此文件。您可以在以下位置获取许可证副本： http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

除非适用***要求或书面同意，否则根据许可证分发的软件按"原样"分发，不附带任何明示或暗示的担保或条件。有关许可证下权限和限制的具体语言，请参阅许可证。