openbis/openbis-app

简介

开源平台openBIS - Open Biology Information System提供电子实验记录本和实验室信息管理系统(ELN-LIMS)解决方案，适用于学术生命科学和材料科学实验室。openBIS ELN-LIMS允许研究人员高效记录工作、描述材料与方法、收集原始及分析数据和分析脚本。该平台由苏黎世联邦理工学院科学IT服务部开发。

!Docker Pulls

标签

标签对应openBIS下载页面发布的openBIS版本。openBIS安装包部署在https://hub.docker.com/_/ubuntu%E7%9A%84%E7%A8%B3%E5%AE%9A(LTS)%E9%95%9C%E5%83%8F%E4%B8%8A%E3%80%82%E6%88%91%E4%BB%AC%E7%89%B9%E6%84%8F%E4%B8%8D%E4%B8%BA%E4%BB%BB%E4%BD%95%E7%89%88%E6%9C%AC%E6%8F%90%E4%BE%9B%22latest%22%E3%80%81%22production%22%E6%88%96%22stable%22%E6%A0%87%E7%AD%BE%EF%BC%8C%E4%BB%A5%E9%81%BF%E5%85%8D%E5%9B%A0%E5%8F%AF%E8%83%BD%E5%BC%95%E5%85%A5%E7%9A%84%E5%90%91%E5%90%8E%E4%B8%8D%E5%85%BC%E5%AE%B9%E5%8F%98%E6%9B%B4%E5%AF%BC%E8%87%B4%E7%94%9F%E4%BA%A7%E7%8E%AF%E5%A2%83%E4%B8%AD%E6%96%AD%E3%80%82%E6%89%80%E6%9C%89openBIS%E8%BF%90%E7%BB%B4%E4%BA%BA%E5%91%98%E5%9C%A8%E8%AF%84%E4%BC%B0%E6%9B%B4%E6%96%B0%E6%97%A5%E5%BF%97%E5%90%8E%EF%BC%8C%E5%BF%85%E9%A1%BB%E5%9C%A8%E5%85%B6%E7%8E%AF%E5%A2%83%E4%B8%AD%E6%8C%87%E5%AE%9A%E5%8F%91%E5%B8%83%E7%89%88%E6%9C%AC%E3%80%82

镜像有两种标记方式：包含最新bug修复补丁的主要版本(如20.10.8、20.10.9等)，以及特定bug修复版本(如20.10.9.0、20.10.9.1等)。

https://hub.docker.com/r/openbis/openbis-app/tags

生产就绪版本

20.10.12

!Docker Version !Docker Image Size

20.10.11

!Docker Version !Docker Image Size

20.10.10

!Docker Version !Docker Image Size

20.10.9

!Docker Version !Docker Image Size

早期访问版本

6.8

!Docker Version !Docker Image Size

6.7

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文档

• OpenBIS Docker架构
• OpenBIS Docker使用方法
• OpenBIS Docker配置

快速启动

快速启动指南提供最小化、最简单的设置方式。完整文档包含更多选项、变量和示例。

创建虚拟网络：

$ docker network create openbis-network --driver bridge;

运行数据库容器：

$ docker run --detach \
  --name openbis-db \
  --hostname openbis-db \
  --network openbis-network \
  -v openbis-db-data:/var/lib/postgresql/data \
  -e POSTGRES_PASSWORD=mysecretpassword \
  -e PGDATA=/var/lib/postgresql/data/pgdata \
  postgres:15;

运行应用容器：

$ docker run --detach \
  --name openbis-app \
  --hostname openbis-app \
  --network openbis-network \
  --pid host \
  -p 8080:8080 \
  -p 8081:8081 \
  -v openbis-app-data:/data \
  -v openbis-app-etc:/etc/openbis \
  -v openbis-app-logs:/var/log/openbis \
  -e OPENBIS_ADMIN_PASS="123456789" \
  -e OPENBIS_DATA="/data/openbis" \
  -e OPENBIS_DB_ADMIN_PASS="mysecretpassword" \
  -e OPENBIS_DB_ADMIN_USER="postgres" \
  -e OPENBIS_DB_APP_PASS="mysecretpassword" \
  -e OPENBIS_DB_APP_USER="openbis" \
  -e OPENBIS_DB_HOST="openbis-db" \
  -e OPENBIS_ETC="/etc/openbis" \
  -e OPENBIS_HOME="/home/openbis" \
  -e OPENBIS_LOG="/var/log/openbis" \
  -e OPENBIS_FQDN="local.openbis.ch" \
  openbis/openbis-app:[RELEASE TAG HERE];

运行本地入口容器：

$ docker run --detach \
  --name openbis-ingress \
  --hostname openbis-ingress \
  --network openbis-network \
  --pid host \
  -p 443:443 \
  -e OPENBIS_HOST="openbis-app" \
  openbis/openbis-local:latest;

验证连接：

$ curl -v https://local.openbis.ch/openbis/webapp/eln-lims/version.txt

许可证

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