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Chaste是一个开源计算生物学平台,用于癌症、心脏和软组织模拟,支持细胞行为、心脏电生理、连续力学等多领域建模,提供高效数值计算、MPI并行和Python接口,适用于科学研究和模拟分析。

下载次数: 0状态:社区镜像维护者:openeuler仓库类型:镜像最近更新:17 天前
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Chaste Docker镜像文档

镜像概述和主要用途

Chaste(Cancer Heart And Soft Tissue Environment)是一个开源计算生物学平台,专注于癌症、心脏和软组织的模拟研究,由Chaste项目团队开发维护。本镜像是openEuler CloudNative SIG维护的官方Chaste Docker镜像,基于openEuler系统构建,提供了完整的Chaste运行环境,方便用户快速部署和使用Chaste进行生物医学模拟研究。

维护者:openEuler CloudNative SIG
获取帮助:openEuler CloudNative SIG、openEuler社区

核心功能和特性

Chaste提供以下核心功能:

  • 基于细胞的模拟:建模单个细胞行为和组织形态发生
  • 心脏电生理建模:模拟心脏电活动和动作电位
  • 连续力学求解:解决固体力学、流体力学及流固耦合问题
  • 高效数值计算:集成SUNDIALS和PETSc的PDE与ODE求解器
  • 网格生成与处理:支持复杂几何域的网格创建和处理
  • 肺部模拟:建模呼吸生理和气流动力学
  • MPI并行计算:通过PETSc实现大规模分布式模拟
  • VTK可视化输出:科学数据渲染与分析
  • PyChaste Python接口:支持脚本编写和快速原型开发
  • 隐窝模拟:肠道上皮组织建模

了解更多:https://chaste.github.io

支持的标签及Dockerfile链接

Chaste Docker镜像的标签由Chaste版本和基础镜像版本组成,具体如下:

标签当前版本架构
2026.1-oe2403sp3基于openEuler 24.03-LTS-SP3的Chaste 2026.1amd64, arm64

使用方法和配置说明

前提条件

确保已安装Docker,Windows用户需使用Linux容器模式。

获取镜像

可通过以下两种方式获取Chaste镜像:

  1. 从DockerHub拉取预构建镜像

    bash
    docker pull openeuler/chaste:2026.1-oe2403sp3
    
  2. 从源码本地构建镜像

    bash
    docker build -t openeuler/chaste:2026.1-oe2403sp3 2026.1/24.03-lts-sp3/
    

运行容器

启动Chaste环境容器:

bash
docker run -it openeuler/chaste:2026.1-oe2403sp3

验证安装

在容器内执行以下命令验证Chaste是否正确安装:

bash
ls /opt/chaste/bin/ && ls /opt/chaste/lib/

问题与反馈

如遇问题或需使用特殊功能,请在openeuler-docker-images提交issue或pull request。

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本,请访问 标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 chaste 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/openeuler/chaste:<标签>

使用方法:

  • 登录认证方式
  • 免认证方式

DockerHub 原生拉取命令

docker pull openeuler/chaste:<标签>

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