openeuler/lumpy

lumpy-sv Docker镜像文档

快速参考

• 官方lumpy-sv容器镜像。
• 维护者：openEuler CloudNative SIG
• 帮助支持：openEuler CloudNative SIG、openEuler社区

镜像概述

当前lumpy-sv Docker镜像基于openEuler构建，该仓库可免费使用且无每用户速率限制。

lumpy-sv是一个用于结构变异发现的通用概率框架，更多信息请访问https://github.com/arq5x/lumpy-sv%E3%80%82

核心功能与特性

• 基于概率模型的结构变异检测
• 支持多种输入数据类型（如BAM文件、BEDPE文件）
• 灵活的断点检测参数配置
• 支持多样本分析与权重设置
• 输出格式支持VCF和BEDPE

适用场景

• 基因组结构变异（SV）检测与分析
• 肿瘤基因组结构变异研究
• 群体遗传学中的结构变异分析
• 临床基因组学结构变异检测

支持的标签及对应Dockerfile链接

每个lumpy-sv容器镜像的标签由lumpy-sv版本和基础镜像版本组成，详情如下：

使用方法

拉取镜像

从Docker Hub拉取openeuler/lumpy-sv镜像：

bash
docker pull openeuler/lumpy-sv:{Tag}

注意：将{Tag}替换为实际标签，如0.3.1-oe2403sp1

启动容器实例

启动一个lumpy-sv实例：

bash
docker run -it --name my-lumpy-sv openeuler/lumpy-sv:{Tag}

lumpy-sv使用说明

容器启动后，可根据需求使用lumpy-sv工具，基础使用命令：

bash
lumpy [options]

主要选项说明

-g       基因组文件（定义染色体顺序）
-e       显示每个调用的证据
-w       文件读取窗口大小（默认1000000）
-mw      所有样本的最小权重阈值
-msw     每个样本的最小权重阈值
-tt      修剪阈值
-x       排除文件（BED格式）
-t       临时文件前缀，必须指向可写目录
-P       为每个变异输出概率曲线
-b       输出格式为BEDPE而非VCF

-sr      短读长数据参数：
        bam_file:<文件名>,
        id:<样本名>,
        back_distance:<距离>,
        min_mapping_threshold:<映射质量>,
        weight:<样本权重>,
        min_clip:<最小剪切长度>,
        read_group:<字符串>

-pe      配对末端数据参数：
        bam_file:<文件名>,
        id:<样本名>,
        histo_file:<文件名>,
        mean:<值>,
        stdev:<值>,
        read_length:<长度>,
        min_non_overlap:<长度>,
        discordant_z:<z值>,
        back_distance:<距离>,
        min_mapping_threshold:<映射质量>,
        weight:<样本权重>,
        read_group:<字符串>

-bedpe   BEDPE文件输入参数：
        bedpe_file:<bedpe文件>,
        id:<样本名>,
        weight:<样本权重>

问题与反馈

如遇任何问题或需要特殊功能，请在openeuler-docker-images提交issue或pull request。