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overture/score
自动构建
overture
用于SCORe存储系统的客户端，支持文件上传、下载等操作，基于Spring Boot、Spring Security、AWS SDK等技术构建，可通过Docker容器便捷使用。
3 次收藏下载次数: 0状态：自动构建维护者：overture仓库类型：镜像最近更新：2 年前
SCORe Client
SCORe存储系统的客户端，用于与SCORe存储系统进行交互，支持文件的上传、下载等核心操作。
核心组件
该存储客户端由以下组件构成：
- Spring Boot
- Spring Security
- Spring Security OAuth
- AWS SDK
- https://github.com/puniverse/javafs
- https://samtools.github.io/htsjdk/
构建
从仓库根目录执行以下命令以编译、测试和打包模块：
shellmvn -am -pl score/score-core
运行
shellbin/score-client upload —manifest manifest.txt
Docker镜像使用
以下是容器使用示例，将下载具有object-id为5b845b9a-3dcd-59ef-9f56-9a99396e988f的远程文件（及关联索引文件）到Docker主机的/tmp目录，采用"bundle"布局。文件将以当前用户（/usr/bin/id -u）和组（/usr/bin/id -g）的权限写入。
shell# 获取最新镜像 pull overture/score # 设置访问令牌 export ACCESSTOKEN=<从https://dcc.icgc.org获取的访问令牌> # 创建便捷使用别名 alias score-client="docker run -it --rm -u $(id -u):$(id -g) -e ACCESSTOKEN -v /tmp:/data score-client bin/score-client" # 使用示例object-id（来自https://dcc.icgc.org） score-client download --object-id 5b845b9a-3dcd-59ef-9f56-9a99396e988f --output-dir /data --output-layout bundle
开发
以下配置允许开发人员从Eclipse IDE连接生产环境进行开发调试。
入口点
shellbio.overture.score.client.ClientMain
VM参数
shell-Dspring.config.location=src/main/conf/ -Dspring.profiles.active=prod -Dclient.strictSsl=true -Dclient.upload.serviceHostname=<主机名> -DaccessToken=<令牌>
程序参数
score-client upload --manifest src/test/resources/fixtures/upload/manifest.txt
HTTP日志
要启用请求体和头信息的日志记录，在命令行追加以下内容：
--logging.level.org.apache.http=DEBUG
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull overture/score:<标签>
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