pathwaycommons/factoid-converters

factoid-converters

一个Java Web服务器，用于将https://github.com/PathwayCommons/factoid/文档转换为BioPAX和SBGN模型。

构建

commandline
./gradlew clean
./gradlew build

运行

commandline
java -jar build/libs/factoid-converters*.jar --server.port=8080

RESTful API（Swagger文档）：
应用构建并运行后，自动生成的OpenAPI/Swagger文档可通过以下地址访问（以'/'结尾）：
http://localhost:8080/convert/

Docker部署

你可以通过以下步骤将服务器部署到Docker容器中（<PORT>为服务器运行的实际端口号）：

commandline
docker build . -t pathwaycommons/factoid-converters
docker run -it --rm --name factoid-converters -p <PORT>:8080 docker.xuanyuan.run/pathwaycommons/factoid-converters

可选操作：pathwaycommons组的成员可推送最新Docker镜像至仓库（Dockerhub会在每次向master分支推送代码时自动构建最新镜像）：

commandline
docker login
docker push pathwaycommons/factoid-converters

其他用户可直接拉取镜像运行，无需从源码构建：

commandline
docker pull docker.xuanyuan.run/pathwaycommons/factoid-converters
docker run -p <PORT>:8080 -t docker.xuanyuan.run/pathwaycommons/factoid-converters

（可通过Ctrl-c退出控制台，容器仍在后台运行，可使用docker ps查看）

示例查询

使用cUrl工具：

commandline
cd src/test/resources
curl -X POST -H 'Content-Type: application/json' -d @test2.json "http://localhost:8080/convert/v2/json-to-biopax"

使用Node.js客户端：

js
let url = 'http://localhost:8080/convert/v2/json-to-biopax';
let content = fs.readFileSync('input/templates.json', 'utf8');
Promise.try( () => fetch( url, {
        method: 'POST',
        body:    content,
        headers: { 'Content-Type': 'application/json' }
    } ) )
    .then( res => res.text() )
    .then( res => {
      // 此处获取到BioPAX结果字符串
      console.log(res);
    } );