pathwaycommons/semantic-search

科学语义搜索镜像

镜像概述

PathwayCommons开发的科学语义搜索镜像，是一款基于语义分析技术的科研文献检索工具。它支持通过文本内容或PMID（PubMed ID）快速查找相似文献，为科研人员、学术机构提供高效的文献调研支持。

核心功能

• 语义检索：基于文本或PMID获取相似科学文献
• 结果筛选：返回Top K最相似文献（默认10条，可自定义）
• GPU加速：支持CUDA-enabled GPU提升检索性能
• 灵活配置：通过环境变量设置CUDA设备ID、文本最大长度等参数
• API文档：提供Redoc格式的详细API文档，便于系统集成

使用场景

• 科研人员：快速查找与研究主题相关的文献，辅助论文写作与调研
• 学术机构：集成到内部文献检索系统，增强语义检索能力
• 教育领域：帮助学生高效完成文献综述，提升学习效率

配置说明

环境变量

• CUDA_DEVICE：指定GPU设备ID（如0，仅GPU版本有效）
• MAX_LENGTH：文本嵌入的最大长度（默认384）

API参数

• query：查询对象，包含uid（唯一标识）和text（查询文本，或仅uid为PMID）
• documents：待检索的文献列表（可选，若未提供则通过PMID自动获取）
• top_k：返回的相似文献数量（默认10）
• docs_only：是否仅返回提供的documents的得分（默认False）

Docker部署示例

1. 构建镜像

bash
docker build -t semantic-search .

2. CPU版本运行

bash
docker run -it -p 8000:8000 semantic-search

3. GPU版本运行（需先安装NVIDIA Container Toolkit）

bash
docker run --gpus all -dt --rm --name semantic_container -p 8000:8000 --env CUDA_DEVICE=0 --env MAX_LENGTH=384 semantic-search:latest

API使用示例

发送POST请求到http://127.0.0.1:8000/search端点，请求体示例：

json
{
  "query": {
    "uid": "9887103",
    "text": "The Drosophila activin receptor baboon signals through dSmad2 and controls cell proliferation but not patterning during larval development."
  },
  "documents": [
    {
      "uid": "10320478",
      "text": "Drosophila dSmad2 and Atr-I transmit activin/TGFbeta signals. "
    },
    {
      "uid": "22563507",
      "text": "R-Smad competition controls activin receptor output in Drosophila. "
    }
  ],
  "top_k": 2
}

返回结果示例：

json
[
  {
    "uid": "10320478",
    "score": 0.6997108459472656
  },
  {
    "uid": "22563507",
    "score": 0.6877762675285339
  }
]

文档访问

启动服务后，访问http://127.0.0.1:8000/redoc查看完整API文档。