pegi3s/bwa

BWA Docker镜像文档

镜像概述

本镜像属于"生物信息学Docker镜像项目"（http://pegi3s.github.io/dockerfiles）的一部分（请注意原软件许可证仍然适用）。该镜像提供了http://bio-bwa.sourceforge.net/软件包的便捷使用方式，BWA是用于将低差异序列映射到大型参考基因组（如人类基因组）的工具。

核心功能与特性

BWA包含三个核心算法：

• BWA-backtrack：适用于Illumina测序读长 up to 100bp
• BWA-SW：适用于70bp至1Mbp的序列
• BWA-MEM：适用于70bp至1Mbp的序列，是最新算法，通常推荐用于高质量查询，具有更快的速度和更高的准确性，对于70-100bp的Illumina读长，性能优于BWA-backtrack

BWA-SW和BWA-MEM均支持长读长和分裂比对，但BWA-MEM是更优选择。

使用场景

适用于生物信息学领域中，需要将测序序列（如Illumina、长读长测序数据）比对到参考基因组的场景，包括但不限于：

• 基因组重测序数据分析
• 转录组测序数据比对
• 变异检测前的序列定位

使用方法

基本命令格式

查看BWA所有选项：

bash
docker run --rm docker.xuanyuan.run/pegi3s/bwa bwa

通用运行命令

bash
docker run --rm -v "/your/data/dir:/data" docker.xuanyuan.run/pegi3s/bwa bwa <command> <options>

参数说明：

• /your/data/dir：本地数据目录，需替换为包含待分析FASTA文件的实际路径
• <command>：BWA的具体命令（如index、mem、aln等）
• <options>：BWA命令的具体选项，输入/输出文件路径需以/data/开头（对应容器内路径）

使用示例

1. 生成参考基因组索引

在进行序列比对前，需先生成参考基因组的索引文件：

bash
docker run --rm -v "/your/data/dir:/data" docker.xuanyuan.run/pegi3s/bwa bwa index /data/chr19_KI270866v1_alt.fasta

2. 使用BWA-MEM进行双端序列比对

对双端测序数据进行比对：

bash
docker run --rm -v "/your/data/dir:/data" docker.xuanyuan.run/pegi3s/bwa bwa mem /data/chr19_KI270866v1_alt.fasta /data/7859_GPI.read1.fq /data/7859_GPI.read2.fq > aln-pe.sam

测试数据

可使用以下测试数据验证命令：

• 参考基因组FASTA文件：https://raw.githubusercontent.com/pegi3s/dockerfiles/master/bwa/0.7.17/test_data/chr19_KI270866v1_alt.fasta
• 双端测序FASTQ文件：
  • https://raw.githubusercontent.com/pegi3s/dockerfiles/master/bwa/0.7.17/test_data/7859_GPI.read1.fq
  • https://raw.githubusercontent.com/pegi3s/dockerfiles/master/bwa/0.7.17/test_data/7859_GPI.read2.fq