pegi3s/ncbi-datasets

NCBI Datasets Docker镜像

该镜像属于Bioinformatics Docker Images Project（http://pegi3s.github.io/dockerfiles%EF%BC%89%E7%9A%84%E4%B8%80%E9%83%A8%E5%88%86%EF%BC%8C%E8%AF%B7%E6%B3%A8%E6%84%8F%E5%8E%9F%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E4%BB%8D%E7%84%B6%E9%80%82%E7%94%A8%E3%80%82

镜像概述

本镜像封装了NCBI Datasets工具（https://github.com/ncbi/datasets%EF%BC%89%EF%BC%8C%E5%B8%AE%E5%8A%A9%E7%94%A8%E6%88%B7%E8%BD%BB%E6%9D%BE%E4%BB%8ENCBI%E5%90%84%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93%E8%8E%B7%E5%8F%96%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6%E6%95%B0%E6%8D%AE%EF%BC%88%E5%A6%82%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E3%80%81%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E3%80%81%E5%BA%8F%E5%88%97%E7%AD%89%EF%BC%89%E3%80%82

核心功能

• datasets命令：支持下载NCBI数据库中的各类生物数据（基因、基因组、变异等）。
• dataformat命令：用于处理和转换下载数据的格式，满足分析需求。

使用场景

适用于生物信息学研究人员、学生等需要从NCBI数据库获取数据的场景，例如基因序列下载、基因组数据分析前的数据准备等。

配置说明

使用时需挂载本地数据目录到容器内的/data路径，以便存储下载文件。基本命令格式：

bash
docker run --rm -v /本地数据目录:/data pegi3s/ncbi-datasets <命令> <子命令> <选项>

参数说明：

• /本地数据目录：替换为本地存储数据的路径。
• <命令>：选择datasets或dataformat。
• <子命令>：具体子命令（如download gene）。
• <选项>：命令参数（如基因ID、输出文件名）。

部署示例

获取命令帮助
查看datasets帮助：

bash
docker run --rm pegi3s/ncbi-datasets datasets --help

查看dataformat帮助：

bash
docker run --rm pegi3s/ncbi-datasets dataformat --help

下载基因数据
下载GeneID 672的基因数据到本地/your/data/dir：

bash
docker run --rm -v /your/data/dir:/data pegi3s/ncbi-datasets datasets download gene gene-id 672 --filename /data/gene_672.zip