Picard Docker镜像文档

该镜像属于“生物信息学Docker镜像项目”（[***]

镜像概述和主要用途

本镜像旨在方便使用Picard——一套用于处理高通量测序数据及相关格式（如SAM/BAM/CRAM、VCF）的命令行工具集。通过Docker镜像形式，简化了Picard工具的部署与使用流程，适用于各类生物信息学分析场景中对测序数据的处理需求。

核心功能和特性

Picard工具集可执行以下操作：

• 碱基识别（Base Calling）：处理测序仪数据并检测测序水平属性的工具。
• 诊断与质量控制（Diagnostics and Quality Control）：收集测序质量相关及比较指标的工具。
• 基因分型芯片数据处理（Genotyping Arrays Manipulation）：处理基因分型芯片生成数据的工具。
• 基因组区间处理（Intervals Manipulation）：处理多种格式基因组区间的工具。
• 读取数据处理（Read Data Manipulation）：处理SAM、BAM或CRAM格式读取数据的工具。
• 参考序列处理（Reference）：分析和处理FASTA格式参考序列的工具。
• 变异评估与优化（Variant Evaluation and Refinement）：评估和优化变异 calling 结果的工具。
• 变异过滤（Variant Filtering）：通过注释FILTER列对变异进行过滤的工具。
• 变异数据处理（Variant Manipulation）：处理变异调用格式（VCF）数据的工具。
• 其他（Other）：杂项工具。

使用场景和适用范围

适用于生物信息学领域中涉及高通量测序数据处理的各类场景，包括但不限于：

• SAM/BAM/CRAM格式文件的清洗、转换与处理
• VCF格式变异数据的过滤、评估与优化
• 测序数据质量控制指标的收集与分析
• 基因组区间及参考序列的处理与分析
• 基因分型芯片数据的操作等

使用方法和配置说明

查看Picard工具选项

如需查看Picard工具的基本选项，可运行以下命令：

docker run --rm pegi3s/picard -h

在Linux中使用Picard镜像

需调整并运行以下命令格式：

docker run --rm -v /your/data/dir:/data pegi3s/picard <picard-application-name> <options>

参数说明

• /your/data/dir：需替换为包含待分析输入文件的本地目录路径。
• <picard-application-name>：需替换为要使用的Picard应用程序名称（如CleanSam、SortSam等）。
• <options>：需替换为该Picard应用程序的具体选项，包括输入/输出文件路径（需以/data/为前缀，对应本地挂载的/your/data/dir目录）。

使用示例

例如，如需清洗SAM文件，可运行以下命令：

docker run --rm -v /your/data/dir:/data pegi3s/picard CleanSam -I /data/aln-pe.sam -O /data/aln-pe_cleaned.sam

（其中/your/data/dir为本地包含aln-pe.sam文件的目录，命令执行后将在该目录生成清洗后的aln-pe_cleaned.sam文件。）