pegi3s/picard

Picard Docker镜像文档

该镜像属于“生物信息学Docker镜像项目”（http://pegi3s.github.io/dockerfiles%EF%BC%89%E7%9A%84%E4%B8%80%E9%83%A8%E5%88%86%E3%80%82%EF%BC%88%E8%AF%B7%E6%B3%A8%E6%84%8F%EF%BC%9A%E5%8E%9F%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E4%BB%8D%E7%84%B6%E9%80%82%E7%94%A8%E3%80%82%EF%BC%89

镜像概述和主要用途

本镜像旨在方便使用https://broadinstitute.github.io/picard/%E2%80%94%E2%80%94%E4%B8%80%E5%A5%97%E7%94%A8%E4%BA%8E%E5%A4%84%E7%90%86%E9%AB%98%E9%80%9A%E9%87%8F%E6%B5%8B%E5%BA%8F%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%8F%8A%E7%9B%B8%E5%85%B3%E6%A0%BC%E5%BC%8F%EF%BC%88%E5%A6%82SAM/BAM/CRAM%E3%80%81VCF%EF%BC%89%E7%9A%84%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%A1%8C%E5%B7%A5%E5%85%B7%E9%9B%86%E3%80%82%E9%80%9A%E8%BF%87Docker%E9%95%9C%E5%83%8F%E5%BD%A2%E5%BC%8F%EF%BC%8C%E7%AE%80%E5%8C%96%E4%BA%86Picard%E5%B7%A5%E5%85%B7%E7%9A%84%E9%83%A8%E7%BD%B2%E4%B8%8E%E4%BD%BF%E7%94%A8%E6%B5%81%E7%A8%8B%EF%BC%8C%E9%80%82%E7%94%A8%E4%BA%8E%E5%90%84%E7%B1%BB%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6%E5%88%86%E6%9E%90%E5%9C%BA%E6%99%AF%E4%B8%AD%E5%AF%B9%E6%B5%8B%E5%BA%8F%E6%95%B0%E6%8D%AE%E7%9A%84%E5%A4%84%E7%90%86%E9%9C%80%E6%B1%82%E3%80%82

核心功能和特性

Picard工具集可执行以下操作：

• 碱基识别（Base Calling）：处理测序仪数据并检测测序水平属性的工具。
• 诊断与质量控制（Diagnostics and Quality Control）：收集测序质量相关及比较指标的工具。
• 基因分型芯片数据处理（Genotyping Arrays Manipulation）：处理基因分型芯片生成数据的工具。
• 基因组区间处理（Intervals Manipulation）：处理多种格式基因组区间的工具。
• 读取数据处理（Read Data Manipulation）：处理SAM、BAM或CRAM格式读取数据的工具。
• 参考序列处理（Reference）：分析和处理FASTA格式参考序列的工具。
• 变异评估与优化（Variant Evaluation and Refinement）：评估和优化变异 calling 结果的工具。
• 变异过滤（Variant Filtering）：通过注释FILTER列对变异进行过滤的工具。
• 变异数据处理（Variant Manipulation）：处理变异调用格式（VCF）数据的工具。
• 其他（Other）：杂项工具。

使用场景和适用范围

适用于生物信息学领域中涉及高通量测序数据处理的各类场景，包括但不限于：

• SAM/BAM/CRAM格式文件的清洗、转换与处理
• VCF格式变异数据的过滤、评估与优化
• 测序数据质量控制指标的收集与分析
• 基因组区间及参考序列的处理与分析
• 基因分型芯片数据的操作等

使用方法和配置说明

查看Picard工具选项

如需查看Picard工具的基本选项，可运行以下命令：

bash
docker run --rm pegi3s/picard -h

在Linux中使用Picard镜像

需调整并运行以下命令格式：

bash
docker run --rm -v /your/data/dir:/data pegi3s/picard <picard-application-name> <options>

参数说明

• /your/data/dir：需替换为包含待分析输入文件的本地目录路径。
• <picard-application-name>：需替换为要使用的Picard应用程序名称（如CleanSam、SortSam等）。
• <options>：需替换为该Picard应用程序的具体选项，包括输入/输出文件路径（需以/data/为前缀，对应本地挂载的/your/data/dir目录）。

使用示例

例如，如需清洗SAM文件，可运行以下命令：

bash
docker run --rm -v /your/data/dir:/data pegi3s/picard CleanSam -I /data/aln-pe.sam -O /data/aln-pe_cleaned.sam

（其中/your/data/dir为本地包含aln-pe.sam文件的目录，命令执行后将在该目录生成清洗后的aln-pe_cleaned.sam文件。）