pegi3s/utilities

pegi3s/utilities镜像说明

镜像概述

本镜像属于Bioinformatics Docker Images Project（http://pegi3s.github.io/dockerfiles），包含多种生物信息学及通用实用工具，支持Docker in Docker运行模式。版本选择需注意：Docker 29及以上用户请使用pegi3s/utilities:0.22.2-docker29.0.1标签，未升级到Docker 29的用户使用pegi3s/utilities:0.22.2标签。可通过docker --version命令查看本地Docker版本。

核心功能

本镜像提供以下类别工具：

1. FASTA文件处理：去序列换行、移除终止密码子、提取accession号、反向互补、重命名头部、排序等；
2. FASTQ文件处理：去交错、转换为FASTA格式；
3. 批量操作：创建文件/目录批次、批量处理FASTA文件；
4. DockerHub管理：统计镜像拉取次数、列出用户镜像及标签；
5. 序列分析：检查序列长度是否为3的倍数、移除含N或框内终止密码子的序列；
6. PDB相关：转换HDock生成的PDB格式、提取序列、分析接口信息；
7. 通用工具：备份文件、移除文件最后一行等。

使用场景

适用于生物信息学研究中的序列数据处理、批量任务执行、Docker镜像管理、蛋白质结构分析等场景。

配置说明

1. 查看工具列表：

   bash
   docker run --rm docker.xuanyuan.run/pegi3s/utilities help
   

2. 查看单个工具帮助：

   bash
   docker run --rm docker.xuanyuan.run/pegi3s/utilities <utility_name> --help
   

3. 数据挂载：使用-v参数将本地目录挂载到容器内/data路径，方便读写文件。

部署示例

• 转换FASTQ到FASTA：

  bash
  docker run --rm -v $(pwd):/data docker.xuanyuan.run/pegi3s/utilities fastq_to_fasta /data/input.fastq /data/output.fasta
  

• 备份文件：

  bash
  docker run --rm -v $(pwd):/data docker.xuanyuan.run/pegi3s/utilities backup_file /data/target_file.txt
  

• 统计DockerHub镜像拉取次数：

  bash
  docker run --rm docker.xuanyuan.run/pegi3s/utilities dockerhub_count_pulls <dockerhub_username>