pinellolab/crispresso2

CRISPResso2

CRISPResso2是一个软件管道，旨在实现对基因组编辑实验的快速直观解释。其有限的网络版可访问：[***]

简要来说，CRISPResso2：

• 将测序reads比对到参考序列
• 量化插入、突变和缺失，以确定reads是否被基因组编辑修饰或未修饰
• 用直观的图表和数据集总结编辑结果

完整文档参见<[***]>。

此外，CRISPResso可作为更大工具套件的一部分运行：

• CRISPRessoBatch - 用于在同一位置分析和比较多个实验条件
• CRISPRessoPooled - 用于分析来自pooled扩增子测序实验的多个扩增子
• CRISPRessoWGS - 用于分析全基因组测序样本中的特定位点
• CRISPRessoCompare - 用于比较两个样本间的编辑情况（如处理组vs对照组）
• CRISPRessoAggregate - 用于汇总先前运行的CRISPResso分析结果

!https://raw.githubusercontent.com/pinellolab/CRISPResso2/master/crispresso_schematic.png "CRISPResso2示意图"

核心功能与特性

• 序列比对：精准比对测序reads与参考序列，为后续分析奠定基础
• 编辑量化：系统量化插入、突变和缺失事件，明确reads的修饰状态
• 结果可视化：通过直观图表（如编辑效率分布图、突变谱图等）和结构化数据集呈现分析结果
• 工具集成：支持作为CRISPRessoBatch、CRISPRessoPooled等工具套件的核心组件，适应多场景分析需求

适用场景

• 单个基因组编辑位点的深度测序数据分析
• 多实验条件下同一编辑位点的比较分析（配合CRISPRessoBatch）
• pooled扩增子测序实验中多个扩增子的并行分析（配合CRISPRessoPooled）
• 全基因组测序样本中特定编辑位点的靶向分析（配合CRISPRessoWGS）
• 处理组与对照组的编辑效率差异比较（配合CRISPRessoCompare）

安装与使用

安装方式

CRISPResso2可通过以下方式安装：

• Bioconda
  • Apple Silicon上的Bioconda
• Docker

Docker使用示例

通过Docker运行CRISPResso2的基本命令：

bash
docker run -v /本地数据路径:/data pinellolab/crispresso2 CRISPResso -r /data/参考序列.fasta -f /data/测序reads.fastq -o /data/输出目录

参数说明：

• -v /本地数据路径:/data：将本地数据目录挂载至容器内/data目录，实现数据共享
• CRISPResso：CRISPResso2主命令
• -r：指定参考序列文件路径（容器内路径，需对应挂载的本地文件）
• -f：指定测序reads文件路径（支持fastq/fastq.gz格式）
• -o：指定输出目录路径

更多参数可通过以下命令查看完整帮助文档：

bash
docker run pinellolab/crispresso2 CRISPResso --help

示例与文档

• CRISPResso示例运行
• CRISPRessoBatch示例运行
• CRISPRessoPooled示例运行
• CRISPRessoWGS示例运行
• CRISPRessoCompare示例运行
• CRISPRessoPooledWGCompare示例运行
• CRISPRessoAggregate示例运行

故障排除

如遇问题，请查阅故障排除页面或提交https://github.com/pinellolab/CRISPResso2/discussions/new?category=troubleshooting%E3%80%82