piroonj/eligos2
piroonj
ELIGOS2是一款利用Oxford Nanopore Technology信号识别RNA转录本或DNA序列修饰位置的生物信息学工具，支持差异表观转录组分析、表观转录组谱分析及DNA修饰识别。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：piroonj仓库类型：镜像最近更新：2 年前
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ELIGOS2
Epitranscriptional/(Epigenomical) Landscape Inferring from Glitches of ONT Signals（版本2）
概述
Oxford Nanopore Technology（ONT）测序平台可对天然状态的DNA和RNA进行无扩增测序，保留序列上的所有修饰并记录离子信号。这些信号与标准碱基识别模型的差异会被误判为测序错误，ELIGOS2利用这些错误识别RNA转录本或DNA序列上的修饰位置。该工具通过Fisher精确检验评估特定碱基处的错误差异，参考序列可来自体外转录的未修饰RNA、cDNA或开发的背景错误模型（rBEM）。
核心功能
- 两种条件下的差异表观转录组分析
- 表观转录组谱分析
- DNA修饰（如DNA加合物）识别
使用场景
适用于生物信息学研究场景，包括比较不同样本的表观转录组差异、构建表观转录组图谱、检测DNA修饰位点等。
配置说明
Docker部署步骤
- 安装Docker（https://docs.docker.com/install/ "Docker Installation"）
- 拉取镜像并运行：
bash# 拉取ELIGOS2镜像 docker pull docker.xuanyuan.run/piroonj/eligos2 # 运行镜像查看帮助文档 docker run --rm -v $PWD:$PWD -w $PWD docker.xuanyuan.run/piroonj/eligos2 eligos2 -h
注意：通过-v $PWD:$PWD映射本地当前目录到容器，-w $PWD设置容器工作目录为当前目录，确保数据文件可访问。
请引用相关文献：Jenjaroenpun et.al., Decoding the Epitranscriptional Landscape from Native RNA Sequences, submitted.
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull piroonj/eligos2:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"