poldracklab/mriqc

mriqc：MRI质量评估的图像质量指标工具

概述

mriqc是由斯坦福大学Poldrack实验室开发的开源神经影像数据处理工具，用于Center for Reproducible Neuroscience (CRN)及开源软件分发。该工具提供一系列图像处理工作流，提取和计算无参考图像质量指标（NR IQMs），用于MRI（磁共振成像）的质量评估协议（QAPs）。其开发源于并深受PCP质量评估协议影响，是CRN提供的MRI图像分析和可重复性平台的一部分。

核心功能与特性

• 图像质量指标提取：从结构和功能MRI数据中提取多种NR IQMs
• BIDS格式支持：仅接受符合BIDS（脑影像数据结构）格式的数据集作为输入
• 多模态扩展：当前支持结构和功能MRI，计划添加弥散MRI支持
• 开源可重复：作为开源工具，支持神经影像研究的可重复性和质量控制标准化

外部依赖

mriqc基于nipype实现，需以下神经影像软件工具，且其二进制文件需在系统$PATH中可用：

• FSL
• http://stnava.github.io/ANTs/%EF%BC%88%E5%90%ABN4ITK%E5%81%8F%E5%B7%AE%E6%A0%A1%E6%AD%A3%E5%B7%A5%E5%85%B7%EF%BC%89
• AFNI

使用方法

数据集要求

输入数据集必须符合BIDS格式，可通过http://incf.github.io/bids-validator/%E5%9C%A8%E7%BA%BF%E9%AA%8C%E8%AF%81%E3%80%82

基本命令示例

bash
mriqc -i /path/to/bids_dataset -o /path/to/output -w /path/to/workdir

参数说明：

• -i：输入BIDS数据集路径
• -o：输出结果路径
• -w：工作目录路径（用于中间文件存储）

Docker部署示例

假设使用包含所有依赖的mriqc Docker镜像，可通过以下命令运行：

bash
docker run -v /local/bids_dataset:/input \
           -v /local/output:/output \
           -v /local/workdir:/work \
           poldracklab/mriqc \
           -i /input -o /output -w /work

支持与交流

• 文档：[***]
• 问题咨询：在NeuroStars.org提交带mriqc标签的问题（历史问题：[***]
• 开发讨论：邮件列表[***]
• Bug与功能请求：GitHub Issues https://github.com/poldracklab/mriqc/issues

作者

Oscar Esteban、Krzysztof F. Gorgolewski、Craig A. Moodie、William Triplett（斯坦福大学心理学系Poldrack实验室及斯坦福大学可重复神经科学中心）

许可信息

采用3-clause BSD许可协议，完整许可见mriqc分发中的LICENSE文件。
版权所有 (c) 2015-2016，mriqc开发者及CRN。保留所有权利。
所有引用的商标均为其各自持有人的财产。