pottava/singularity

Singularity镜像

本镜像基于Alpine Linux构建，集成Singularity容器化工具（官方网站：http://singularity.lbl.gov/%EF%BC%89%EF%BC%8C%E4%B8%BA%E7%94%A8%E6%88%B7%E6%8F%90%E4%BE%9B%E8%BD%BB%E9%87%8F%E7%BA%A7%E3%80%81%E9%AB%98%E6%95%88%E7%9A%84%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%8C%96%E8%A7%A3%E5%86%B3%E6%96%B9%E6%A1%88%E3%80%82

支持的标签及对应Dockerfile链接

• latest：对应https://github.com/pottava/docker-singularity/blob/master/versions/3.2/Dockerfile
• 3.2：对应https://github.com/pottava/docker-singularity/blob/master/versions/3.1/Dockerfile
• 2.6：对应https://github.com/pottava/docker-singularity/blob/master/versions/2.6/Dockerfile

核心功能

1. 支持Singularity容器的拉取、运行、命令执行及交互shell操作
2. 提供多版本Singularity选择，适配不同场景需求
3. 通过Docker容器快速启动Singularity环境，无需本地安装复杂依赖

使用场景

• 科学计算与高性能计算领域的环境隔离与一致性保障
• 软件依赖的快速部署与跨平台运行
• 容器镜像的创建、测试与管理

配置与使用说明

测试镜像

bash
$ docker run --rm pottava/singularity:3.2 --version
$ docker run --rm -it --privileged -v $(pwd):/work pottava/singularity:3.2 sh

配置本地命令

安装Docker后，创建脚本以直接使用singularity命令：

bash
$ sudo sh -c 'cat << EOF > /usr/local/bin/singularity
#!/bin/sh
docker run --rm -it --privileged -e UID=\$(id -u) -e GID=\$(id -g) \\
  -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock \\
  -v \$(pwd):/home/singularity -v /tmp:/tmp -w /home/singularity \\
  pottava/singularity:3.2 "\$@"
EOF'
$ sudo chmod +x /usr/local/bin/singularity

运行示例

版本 >=3.0

bash
$ singularity pull --name hello.simg shub://vsoch/hello-world
$ sudo singularity run hello.simg
$ sudo singularity exec hello.simg ls
$ sudo singularity shell hello.simg

版本 2.4 <= x <3.0

bash
$ singularity pull --name hello.simg shub://vsoch/hello-world
$ singularity run hello.simg
$ singularity exec hello.simg ls
$ singularity shell hello.simg

版本 <2.3

bash
$ docker run --rm -it --privileged -v $(pwd):/tmp \
    --entrypoint sh pottava/singularity:2.3 -c \
    "singularity create --size 100 alpine.simg && cp /work/alpine.simg /tmp/"
$ singularity import alpine.simg docker://alpine:3.7
$ singularity exec alpine.simg cat /etc/os-release
$ singularity shell alpine.simg