proteowizard/panorama-cruxcometpercolator2limelightxml

proteowizard

该镜像包含cruxCometPercolator2LimelightXML.jar工具，可将Crux Comet与Percolator的蛋白质组学分析结果转换为Limelight XML格式，适用于导入Limelight数据分享应用。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：proteowizard仓库类型：镜像最近更新：3 年前

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镜像标签列表与下载命令

proteowizard/panorama-cruxcometpercolator2limelightxml镜像说明

镜像概述

本镜像包含cruxCometPercolator2LimelightXML.jar工具，用于将Crux Comet + Percolator（蛋白质组学分析工具）的分析结果转换为Limelight XML格式，以便导入Limelight web应用进行数据分享。工具来源为开源项目https://github.com/yeastrc/limelight-import-crux-comet-percolator%E3%80%82

核心功能

将Crux Comet和Percolator的分析结果转换为Limelight XML格式
支持通过命令行参数指定输入目录、FASTA文件路径和输出文件路径
提供版本查询功能

使用场景

蛋白质组学研究中，将Crux Comet + Percolator的分析结果导入Limelight平台进行数据共享
批量处理多组实验数据的格式转换

使用示例

转换Percolator结果

将本地数据目录挂载到容器中，执行转换命令：

bash
docker run -it -v /data/samples/workflows/DDA_CruxCometPercolatorLimelight/testfiles:/data --rm panorama-cruxcometpercolator2limelightxml:latest java -jar /code/cruxCometPercolator2LimelightXML.jar -d /data/crux_output -f /data/Human_PD_ClinVarpep.fasta -o 2020_0212_Loomis_23_DDA_SIM60_515_35.crux.limelight.xml

说明：本地/data/samples/workflows/DDA_CruxCometPercolatorLimelight/testfiles目录需包含Crux Comet和Percolator的结果文件（crux_output目录）及FASTA文件。

查询工具版本

检查镜像中工具的版本：

bash
docker run -it --rm panorama-cruxcometpercolator2limelightxml:latest java -jar /code/cruxCometPercolator2LimelightXML.jar --version

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 panorama-cruxcometpercolator2limelightxml 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/proteowizard/panorama-cruxcometpercolator2limelightxml:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull proteowizard/panorama-cruxcometpercolator2limelightxml:<标签>

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