ProteoWizard Docker镜像技术文档

1. 镜像概述与主要用途

本Docker镜像用于在非Windows平台（如MacOS和Linux）上运行命令行ProteoWizard工具，支持通常仅在Windows系统中工作的质谱数据厂商格式。镜像包含msconvert和SkylineCmd等核心工具，可实现质谱数据格式转换、批量处理等功能。

2. 许可条款

• ProteoWizard免费用于商业和非商业用途，但不得收取使用费用（启用厂商支持时）。
• 如镜像名称所示，使用本镜像前必须同意厂商许可条款，详情参见：ProteoWizard许可协议（可在页面顶部切换不同许可）。

3. 核心功能与特性

• 跨平台支持：在Linux和MacOS上运行原本仅支持Windows的ProteoWizard命令行工具。
• 厂商格式兼容：支持主流质谱仪器厂商的数据格式（详见第7节）。
• 核心工具集成：包含msconvert（数据格式转换）和SkylineCmd（Skyline命令行工具）。
• 轻量级部署：通过Docker容器化，简化依赖管理和环境配置。

4. 使用场景与适用范围

• 适用用户：Linux或MacOS系统的质谱数据分析人员、生物信息学研究者、需要批量处理质谱数据的开发者。
• 典型场景：
  • 非Windows环境下的质谱数据格式转换（如RAW文件转mzML）。
  • 通过命令行自动化处理Skyline项目（如导入数据、生成色谱图）。
  • 科研或工业环境中对ProteoWizard工具的跨平台集成需求。
• 限制：仅提供命令行工具，无GUI界面（如需图形界面需使用Windows机器或虚拟机）。

5. 安装与准备

5.1 Docker环境安装

• MacOS：参考Docker Desktop for Mac安装指南。
• Linux：参考Docker Engine安装指南。
• Windows：无需使用本容器，直接下载ProteoWizard安装程序。

5.2 镜像拉取

容器镜像名称：proteowizard/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses
首次运行时Docker会自动拉取镜像，无需手动执行docker pull。

6. 使用方法与配置说明

6.1 基本运行说明

容器仅提供命令行工具，使用前需熟悉终端操作（MacOS用户可参考终端入门教程，Linux用户可参考Ubuntu命令行教程）。

6.2 核心命令格式

docker run -it --rm -v <本地数据路径>:/data proteowizard/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses wine <工具名称> <工具参数>

• 参数说明：
  • -it：交互式终端，支持命令行输入。
  • --rm：容器退出后自动删除，避免残留。
  • -v <本地数据路径>:/data：将本地数据目录挂载到容器内/data路径（必须替换<本地数据路径>为实际路径，如/Users/用户名/质谱数据，容器内/data路径不可修改）。
  • wine：Windows兼容层，用于运行ProteoWizard工具。

6.3 示例命令

示例1：使用msconvert转换数据格式

将本地/your/data目录下的file.raw文件转换为mzML格式，输出到同一目录：

docker run -it --rm -v /your/data:/data proteowizard/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses wine msconvert /data/file.raw -o /data

示例2：使用SkylineCmd处理项目

在本地/your/data/Skyline-files目录中导入RAW文件并生成色谱图：

docker run -it --rm -v /your/data:/data proteowizard/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses wine SkylineCmd --dir=/data/Skyline-files --in=<input>.sky --import-file=<input>.raw --chromatogram-products --chromatogram-file=<output>.tsv

6.4 获取工具帮助

• msconvert帮助：

  docker run -it --rm proteowizard/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses wine msconvert --help
  

• SkylineCmd帮助：

  docker run -it --rm proteowizard/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses wine SkylineCmd --help
  

7. 支持的厂商格式

8. 故障排除与支持

8.1 调试建议

若运行无错误但功能异常，尝试添加环境变量启用调试输出：

docker run -it --rm -v /your/data:/data -e WINEDEBUG=fixme-all+msgbox+relay proteowizard/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses wine <工具名称> <参数>

8.2 获取支持

若调试后仍未解决问题，请发送以下信息至***：

• 完整命令行
• 运行输出日志
• 代表性数据文件（用于测试）

9. 相关资源

• Dockerfile源码：ProteoWizard/container
• ProteoWizard官方网站：proteowizard.sourceforge.io