quantumfuture/vina_qf

镜像概述

该镜像包含由QuantumFuture Scientific的Laszlo Fusti-Molnar开发的特殊Vina版本，专为刚性对接设计。蛋白质在对接过程中保持刚性，配体构象来源于qfconfsearchDFT.x应用生成的SDF文件，可实现结合量子力学（QM）构象能量的高精度对接评分。

核心功能与特性

1. 刚性对接机制

• 蛋白质分子保持刚性，仅配体构象发生变化
• 配体构象来源于外部输入的SDF文件，确保构象多样性与准确性

2. 量子力学构象输入

• 接受qfconfsearchDFT.x生成的SDF构象文件，包含：
  • 基于QM计算的准确分子几何结构
  • 以SDF标准标签形式附加的DFT-D4高质量相对能量（构象应变能）

3. 复合评分机制

• 总对接评分 = Vina分子间相互作用分数 + DFT-D4构象应变能
• 同时生成两种排序结果：
  • 基于总对接评分的排序结果
  • 仅基于Vina分数的排序结果（用于对比分析）

4. 断点续算功能

• 计算中断后，重新运行相同命令可从断点继续，无需从头开始

使用场景

适用于需要高精度配体构象能量考量的分子对接研究，特别适合：

• 依赖QM计算构象的药物设计项目
• 需评估构象应变能对分子结合影响的分子相互作用分析
• 要求对接结果可重复性与可对比性的科研场景

使用方法与配置说明

输入文件要求

需在工作目录（如test目录）中准备以下3个输入文件：

运行命令示例

目录结构准备

test/
├── prot.pdb
├── dockedLigand.sdf
└── qfConformations.sdf  # 构象文件，实际名称可自定义

Docker运行命令

在包含上述文件的目录（如test）中执行：

bash
docker container run --workdir=/test -v $(pwd):/test quantumfuture/vina_qf vinaAllQF.sh qfConformations.sdf

说明：qfConformations.sdf需替换为实际构象文件名

结果输出

• 所有对接结果将保存至 qfConformations.dir/Results 目录（qfConformations为构象文件名前缀）
• 输出包含两种排序结果文件：
  • 基于总评分（Vina分数+DFT-D4应变能）的对接结果
  • 仅基于Vina分数的对接结果（用于对比）