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RADAR-base 数据上传器

镜像概述和主要用途

RADAR-base 数据上传器是一个Web应用程序,支持将数据上传到RADAR-Base平台。它包含一个Kafka Connect源连接器,用于处理上传的数据,将其解析为适当格式并发送到Kafka。主要用途包括:通过Web界面从设备和其他来源上传数据,以及监控创建的记录状态。

核心功能和特性

  • 多组件架构:包含前端Web应用、后端Web服务和Kafka Connect源连接器,协同完成数据上传和处理流程
  • Web界面交互:提供直观的用户界面,支持登录、文件上传、记录状态查看等操作
  • 数据处理与转发:通过Kafka Connect源连接器将上传数据解析并发送到Kafka
  • 多设备支持:可配置支持多种设备类型的数据上传,通过扩展转换器支持新设备
  • 状态监控:实时监控上传记录的处理状态,确保数据上传流程可追踪

组件

该项目包含三个核心组件:

  1. 前端Web应用(radar-upload-frontend):用户可通过此界面上传数据
  2. 后端Web服务(radar-upload-backend):存储上传的数据及其元数据
  3. Kafka Connect源连接器(kafka-connect-upload-source):从后端加载数据并发送到Kafka

截图

!使用管理门户凭据登录

!创建和上传文件

!查看记录和状态

!查看参与者和记录

使用场景和适用范围

适用于需要向RADAR-Base平台手动上传数据的场景,如:

  • 设备数据离线采集后的批量上传
  • 第三方数据源的数据导入
  • 测试环境中的数据注入
  • 需要监控数据上传状态的科研或临床数据管理场景

使用方法和配置说明

用户使用流程

若您需要向RADAR-base上传数据,需先在环境的ManagementPortal应用中拥有账户(如无账户,请联系系统管理员申请)。使用步骤如下:

  1. 使用ManagementPortal的账户凭据登录上传器应用
  2. 点击“Approve”授权上传应用执行指定操作
  3. 选择要操作的项目
  4. 点击“UPLOAD”按钮上传文件
  5. 选择参与者和文件数据源类型,点击“CREATE RECORD”创建记录
  6. 记录创建后,上传相关文件,然后点击“UPLOAD”
  7. 完成文件上传后,点击“DONE”结束流程
  8. 此时将为对应参与者创建状态为“READY”的新记录
  9. 可切换到“RECORD”标签页监控记录状态

详细步骤指南(含截图)请参见:分步指南

安装方法

如需从源代码安装完整功能的RADAR-base数据上传器,请使用根目录下的docker-compose.yml:

docker-compose up -d --build

注意:本部分不涵盖完整RADAR-Base栈的安装或配置。完整安装指南请参见RADAR-Docker或RADAR-Kubernetes。

详细配置说明

配置数据上传器需分别配置上述三个组件。

1. 配置 radar-upload-backend

将etc/upload.yml.template复制为etc/upload.yml,修改数据库凭据和OAuth客户端凭据。以下是配置示例及说明:

baseUri: "[***]"
managementPortalUrl: "[***]"
jdbcDriver: "org.postgresql.Driver"
jdbcUrl: "jdbc:postgresql://radarbase-postgresql:5432/uploadconnector"
jdbcUser: "username"  # 更改为数据库用户名
jdbcPassword: "password"  # 更改为数据库密码
additionalPersistenceConfig:
  "hibernate.dialect": "org.hibernate.dialect.PostgreSQL95Dialect"
enableCors: yes  # 如需启用CORS过滤器,设为yes
clientId: "radar_upload_backend"  # 配置OAuth客户端ID
clientSecret: "secret"  # 配置客户端密钥
sourceTypes:  # 支持上传的数据源类型列表
  - name: phone-acceleration  # 数据源唯一标识(必填)
    topics:  # 发送数据的Kafka主题列表
      - android_phone_acceleration
    contentTypes:  # 支持的文件内容类型
      - text/csv
    timeRequired: false  # 是否需要用户提供上传数据的日期时间(如数据无时间戳)
    sourceIdRequired: false  # 是否必须提供source-id才能上传数据
    configuration:  # 额外配置
      setting1: value1
      setting2: value2
  # 其他数据源类型配置示例...
  - name: acceleration-zip
    topics:
      - android_phone_acceleration
    contentTypes:
      - application/zip
    timeRequired: false
    sourceIdRequired: false

添加新设备类型支持:在sourceTypes列表中添加新条目,包含name(唯一标识)、topics、contentTypes等必填字段。

修改配置文件后,重启服务:

docker-compose restart radar-upload-backend

2. 配置 Kafka 源连接器

将etc/source-upload.properties.template复制为etc/source-upload.properties,修改OAuth客户端凭据和支持的转换器类。以下是主要配置属性说明:

名称描述类型默认值有效值重要性
upload.source.poll.interval.ms轮询待处理记录的频率(毫秒)long60000-低
upload.source.queue.size记录队列容量int1000-高
upload.source.client.id上传Kafka连接器的OAuth客户端IDstringradar-upload-connector-client-高
upload.source.client.secret上传Kafka连接器的OAuth客户端密钥string--高
upload.source.client.tokenUrl获取访问令牌的ManagementPortal令牌URLstring--高
upload.source.backend.baseUrlradar-upload-backend的URL(存储上传文件的后端)string[***]-高
upload.source.record.converter.classes用于转换记录的类列表listorg.radarbase.connect.upload.converter.phone.AccelerometerConverterFactory继承org.radarbase.connect.upload.converter.ConverterFactory的类高

添加新设备类型处理支持:实现可处理对应设备数据的ConverterFactory,并将类名添加到upload.source.record.converter.classes列表中。

3. 配置 radar-upload-frontend

前端配置通过Docker容器环境变量实现,主要环境变量说明:

名称描述示例值
VUE_APP_BASE_URLWeb应用的基础URL/upload
VUE_APP_API_BASE_URLradar-upload-backend的对外访问URLhttp://localhost:8080/upload/api/ 或 [***]
VUE_APP_AUTH_APIManagementPortal授权服务的对外访问URLhttp://localhost:8080/managementportal/oauth 或 [***]
VUE_APP_AUTH_CALLBACK接收authorization_code的回调URL(需在ManagementPortal中配置一致)http://localhost:8080/upload/login 或 [***]
VUE_APP_CLIENT_ID前端Web应用在ManagementPortal中配置的OAuth客户端IDradar_upload_frontend
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常见问题

轩辕镜像免费版与专业版有什么区别?

免费版仅支持 Docker Hub 加速,不承诺可用性和速度;专业版支持更多镜像源,保证可用性和稳定速度,提供优先客服响应。

轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像?

免费版仅支持 docker.io;专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。

流量耗尽错误提示

当返回 402 Payment Required 错误时,表示流量已耗尽,需要充值流量包以恢复服务。

410 错误问题

通常由 Docker 版本过低导致,需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。

manifest unknown 错误

先检查 Docker 版本,版本过低则升级;版本正常则验证镜像信息是否正确。

镜像拉取成功后,如何去掉轩辕镜像域名前缀?

使用 docker tag 命令为镜像打上新标签,去掉域名前缀,使镜像名称更简洁。

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