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rborgesm/mosaichunter
rborgesm
本镜像安装了MosaicHunter工具，用于体细胞变异检测，支持通过指定输入文件、参考基因组等参数进行变异分析及结果输出。
1 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：rborgesm仓库类型：镜像最近更新：5 年前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明
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MosaicHunter镜像说明
镜像概述
本镜像预装了MosaicHunter工具，该工具由北京大学计算生物学中心开发，专注于体细胞变异检测，适用于生物信息学领域的基因组分析场景。
核心功能
- 基于BAM文件和参考基因组开展体细胞变异检测
- 集成重复区域过滤、常见位点过滤等多维度过滤机制，提升检测准确性
- 支持自定义参数配置，适配不同研究需求
使用场景
适用于癌症基因组研究、体细胞变异相关的生物信息学分析等场景，帮助研究人员快速完成变异检测工作。
配置说明
运行时需指定以下关键参数：
input_file：输入BAM文件路径reference_file：参考基因组FASTA文件路径mosaic_filter.sex：样本性别（M/F）mosaic_filter.dbsnp_file：dbSNP文件路径repetitive_region_filter.bed_file：重复区域BED文件路径indel_region_filter.bed_file：Indel区域BED文件路径common_site_filter.bed_file：常见位点BED文件路径output_dir：结果输出目录路径
部署示例
Docker Run命令
将本地数据目录映射到容器内/data路径，执行检测命令：
bashdocker run -v /your/local/data:/data rborgesm/mosaichunter sh -c "cd MosaicHunter && java -Xmx1500m -jar build/mosaichunter.jar genome \ -P input_file=/data/demo_sample.bam \ -P reference_file=/data/hg37_chr18.fa \ -P mosaic_filter.sex=M \ -P mosaic_filter.dbsnp_file=/data/dbsnp137_hg37_chr18_demo.tsv \ -P repetitive_region_filter.bed_file=resources/all_repeats.b37.bed \ -P indel_region_filter.bed_file=/data/demo_sample.indel_CNV.bed \ -P common_site_filter.bed_file=resources/WGS.error_prone.b37.bed \ -P output_dir=/data/demo_output"
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 mosaichunter 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/rborgesm/mosaichunter:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull rborgesm/mosaichunter:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"