Omics Integrator 2通路重构算法Docker镜像文档

镜像概述与主要用途

本镜像为Omics Integrator 2通路重构算法的实验性Docker镜像，旨在提供便捷的通路重构分析环境。该镜像基于Fraenkel实验室开发的Omics Integrator 2源代码构建（源代码仓库：GitHub），并作为信号通路重构分析流线器（Signaling Pathway Reconstruction Analysis Streamliner, SPRAS）项目（GitHub）的组成部分，支持通路重构相关的生物信息学分析流程。

核心功能与特性

• 通路重构算法实现：集成Omics Integrator 2核心算法，支持基于多组学数据（如转录组、蛋白质组等）的信号通路结构预测与重构。
• 实验性特性：作为实验性镜像，适用于算法功能测试、参数优化及开发场景。
• SPRAS项目集成：作为SPRAS项目的组件，可无缝融入信号通路重构分析的标准化流程，提升分析效率。

使用场景与适用范围

适用于生物信息学领域，特别是需要进行信号通路重构分析的研究场景，包括但不限于：

• 多组学数据（转录组、蛋白质组、代谢组等）的通路结构解析；
• 通路重构算法的实验性验证与优化；
• 信号通路相关的系统生物学研究与数据分析。

使用方法与配置说明

基础使用流程

1. 获取镜像
   该镜像的获取方式需参考SPRAS项目文档或Omics Integrator 2源代码仓库说明，通常可通过Docker Hub拉取或本地构建（具体步骤请参见项目***指南）。

2. 运行容器
   根据分析需求，通过docker run命令启动容器，传入算法所需参数（如输入数据路径、配置文件等）。示例命令格式（具体参数需参考算法文档）：

   docker run --rm -v /本地数据路径:/容器内数据路径 [镜像名称] [Omics Integrator 2命令及参数]
   

3. 配置参数
   详细的参数配置（如输入数据格式、权重设置、网络构建参数等）需参考Omics Integrator 2***源代码文档（GitHub），以确保算法正确执行。

注意事项

• 本镜像为实验性版本，建议在测试环境中使用，生产环境部署前需进行充分验证。
• 相关依赖与环境配置请以SPRAS项目及Omics Integrator 2源代码仓库的最新说明为准。