resolwebio/rnaseq Docker Image
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自动构建
用于RNA-Seq流程的Docker镜像，基于ubuntu-18.04版本的resolwebio/base镜像构建，集成BBMap、Cufflinks、Salmon、STAR等多种生物信息学工具，支持RNA测序数据的处理与分析。
3 次收藏下载次数: 0状态：自动构建维护者：resolwebio仓库类型：镜像最近更新：5 年前
Docker image for RNA-Seq processes
The image is based on the
https://hub.docker.com/r/resolwebio/common/ image, derived from the
ubuntu-18.04 version of
https://hub.docker.com/r/resolwebio/base/ image.
Included bioinformatics tools:
- BBMap (v37.90)
- Cufflinks (v2.2.1)
- Cutadapt (v2.4)
- DESeq2 (v1.24.0)
- DEXSeq (v1.30.0)
- dexseq_prepare_annotation2 (v1.0.0)
- edgeR (v3.26.6)
- gotea (v0.0.4)
- genometools (1.5.9)
- igvtools (v2.3.98)
- jbrowse (v1.16.6)
- loadSubread (0.0.1)
- regtools (0.5.0)
- rnanorm (1.3.0)
- RSEM (v1.4.0)
- rtracklayer (v1.44.2)
- Salmon (1.2.1)
- STAR (v2.7.0f)
- Trimmomatic (v0.36)
- tximport (v1.12.3)
- shRNAde (v1.0)
- UMI-tools (v1.0.0)
- Trim Galore (v0.6.6)
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull resolwebio/rnaseq:<标签>
