resolwebio/rnaseq

RNA-Seq流程Docker镜像

镜像概述

本镜像基于docker.io/resolwebio/common镜像构建，而该基础镜像又衍生自ubuntu-18.04版本的docker.io/resolwebio/base镜像。主要用于RNA-Seq（RNA测序）数据的处理与分析流程，提供一站式的生物信息学工具集成环境。

核心功能与特性

集成的生物信息学工具

本镜像包含以下工具及版本：

• BBMap（v37.90）
• Cufflinks（v2.2.1）
• Cutadapt（v2.4）
• DESeq2（v1.24.0）
• DEXSeq（v1.30.0）
• dexseq_prepare_annotation2（v1.0.0）
• edgeR（v3.26.6）
• gotea（v0.0.4）
• genometools（1.5.9）
• igvtools（v2.3.98）
• jbrowse（v1.16.6）
• loadSubread（0.0.1）
• regtools（0.5.0）
• rnanorm（1.3.0）
• RSEM（v1.4.0）
• rtracklayer（v1.44.2）
• Salmon（1.2.1）
• STAR（v2.7.0f）
• Trimmomatic（v0.36）
• tximport（v1.12.3）
• shRNAde（v1.0）
• UMI-tools（v1.0.0）
• Trim Galore（v0.6.6）

使用场景与适用范围

适用于RNA测序数据的全流程分析，包括但不限于：

• 原始测序数据质量控制（如Trim Galore、Trimmomatic）
• 序列比对（如STAR、BBMap）
• 转录本定量（如Salmon、RSEM）
• 差异表达分析（如DESeq2、edgeR、DEXSeq）
• 转录组可视化（如igvtools、jbrowse）

适合生物信息学研究人员、测序数据分析人员及相关领域科研团队使用，可简化RNA-Seq分析流程的环境配置工作。

使用方法与配置说明

基本使用

拉取镜像

bash
docker pull resolwebio/rnaseq:latest

运行镜像（交互式终端）

bash
docker run -it --rm resolwebio/rnaseq:latest /bin/bash

挂载数据目录运行工具

将本地数据目录挂载到容器中，以运行特定工具（以STAR为例）：

bash
docker run -it --rm -v /path/to/local/data:/data resolwebio/rnaseq:latest STAR --genomeDir /data/genome --readFilesIn /data/reads.fastq

配置说明

本镜像无需额外环境变量配置，工具均已预装并添加至系统路径，可直接在容器内通过命令行调用。建议根据具体分析需求，结合工具官方文档进行参数配置。