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用于下载参考数据和制作索引文件的Docker镜像，是Churros和RumBall的基础镜像，包含Ubuntu 22.04环境、多种生物信息学工具（如SAMtools、SRAtoolkit）及Perl 5.36.0、Python 3.10、R 4.x等编程语言支持，提供CPU和GPU模式。
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docker_database 镜像文档
镜像概述和主要用途
docker_database是一个用于下载参考数据和制作索引文件的Docker镜像，同时作为Churros（[***]
核心功能和特性
基础系统环境
- 基于Ubuntu 22.04操作系统
GPU模式支持
- 包含CUDA 11.8和cudnn 8运行时环境（cuda:11.8.0-cudnn8-runtime）
编程语言及工具链
- Perl：5.36.0（通过plenv管理）
- Python：3.10（通过Miniconda管理），预装MACS2-2.2.9.1
- R：4.x版本，包含BiocManager、Rstudio Desktop及Rstudio Server
生物信息学工具
- SAMtools 1.19.2
- SRAtoolkit 3.0.10
- BEDtools 2.31.0
- OpenBLAS 0.3.24
访问信息
- 默认用户：ubuntu，密码：ubuntu
- DockerHub地址：
- [***]
- [***]
更新日志
- 2024.02
- 安装
sudo - 将Miniconda从Python 3.9更新至Python 3.10
- 安装
- 2024.01
- 将SAMtools从1.17更新至1.19.2
- 将SRAtoolkit从3.0.2更新至3.0.10
- 工作目录从
/opt变更为/home/ubuntu
- 2023.12
- 更新ChIPseqTools（ssp v1.3.1和drompa+ v1.18.1）
- 2023.11
- 移除环境变量
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/compat/:/usr/local/cuda/lib64
- 移除环境变量
- 2023.10
- 添加环境变量
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/compat/:/usr/local/cuda/lib64
- 添加环境变量
- 2023.06
- 安装fish
- 2022.09
- 添加UCSC构建作为参数
- 将bedtools从v2.30.0更新至v2.31.0
- 基于Ensembl 106版本
使用方法
运行镜像
- 普通模式（CPU）：
docker run -it --rm rnakato/database /bin/bash - GPU模式：
docker run -it --rm --gpus all rnakato/database_gpu /bin/bash - 以root用户运行（默认用户为ubuntu）：
docker run -it --rm --gpus all -u root rnakato/database_gpu /bin/bash
从Dockerfile构建镜像
- 构建普通版本（CPU）：
docker build -t youracount/database --target normal . - 构建GPU版本：
docker build -t youracount/database_gpu --target gpu .
常见问题
轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？
免费版仅支持 Docker Hub 加速，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。
轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像？
免费版仅支持 docker.io；专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。
流量耗尽错误提示
当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。
410 错误问题
通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。
manifest unknown 错误
先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。
镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？
使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。
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