rnakato/database
rnakato
用于下载参考数据和制作索引文件的Docker镜像，是Churros和RumBall的基础镜像，包含Ubuntu 22.04环境、多种生物信息学工具（如SAMtools、SRAtoolkit）及Perl 5.36.0、Python 3.10、R 4.x等编程语言支持，提供CPU和GPU模式。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：rnakato仓库类型：镜像最近更新：10 天前
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只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：
请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：
https://xuanyuan.cloud/agents.md
在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
docker_database 镜像文档
镜像概述和主要用途
docker_database是一个用于下载参考数据和制作索引文件的Docker镜像，同时作为Churros（https://github.com/rnakato/Churros%EF%BC%89%E5%92%8CRumBall%EF%BC%88https://github.com/rnakato/RumBall%EF%BC%89%E7%9A%84%E5%9F%BA%E7%A1%80%E9%95%9C%E5%83%8F%E3%80%82%E8%AF%A5%E9%95%9C%E5%83%8F%E9%9B%86%E6%88%90%E4%BA%86%E5%A4%9A%E7%A7%8D%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6%E5%B7%A5%E5%85%B7%E3%80%81%E7%BC%96%E7%A8%8B%E8%AF%AD%E8%A8%80%E7%8E%AF%E5%A2%83%E5%8F%8A%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E4%BE%9D%E8%B5%96%EF%BC%8C%E6%94%AF%E6%8C%81CPU%E5%92%8CGPU%E4%B8%A4%E7%A7%8D%E8%BF%90%E8%A1%8C%E6%A8%A1%E5%BC%8F%EF%BC%8C%E9%80%82%E7%94%A8%E4%BA%8E%E7%94%9F%E7%89%A9%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%A4%84%E7%90%86%E7%9B%B8%E5%85%B3%E7%9A%84%E5%BC%80%E5%8F%91%E5%92%8C%E8%BF%90%E8%A1%8C%E7%8E%AF%E5%A2%83%E6%90%AD%E5%BB%BA%E3%80%82
核心功能和特性
基础系统环境
- 基于Ubuntu 22.04操作系统
GPU模式支持
- 包含CUDA 11.8和cudnn 8运行时环境（cuda:11.8.0-cudnn8-runtime）
编程语言及工具链
- Perl：5.36.0（通过plenv管理）
- Python：3.10（通过Miniconda管理），预装MACS2-2.2.9.1
- R：4.x版本，包含BiocManager、Rstudio Desktop及Rstudio Server
生物信息学工具
- SAMtools 1.19.2
- SRAtoolkit 3.0.10
- BEDtools 2.31.0
- OpenBLAS 0.3.24
访问信息
- 默认用户：ubuntu，密码：ubuntu
- DockerHub地址：
- https://hub.docker.com/r/rnakato/database%EF%BC%88CPU%E7%89%88%E6%9C%AC%EF%BC%89
- https://hub.docker.com/r/rnakato/database_gpu%EF%BC%88GPU%E7%89%88%E6%9C%AC%EF%BC%89
更新日志
- 2024.02
- 安装
sudo - 将Miniconda从Python 3.9更新至Python 3.10
- 安装
- 2024.01
- 将SAMtools从1.17更新至1.19.2
- 将SRAtoolkit从3.0.2更新至3.0.10
- 工作目录从
/opt变更为/home/ubuntu
- 2023.12
- 更新ChIPseqTools（ssp v1.3.1和drompa+ v1.18.1）
- 2023.11
- 移除环境变量
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/compat/:/usr/local/cuda/lib64
- 移除环境变量
- 2023.10
- 添加环境变量
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/compat/:/usr/local/cuda/lib64
- 添加环境变量
- 2023.06
- 安装fish
- 2022.09
- 添加UCSC构建作为参数
- 将bedtools从v2.30.0更新至v2.31.0
- 基于Ensembl 106版本
使用方法
运行镜像
- 普通模式（CPU）：
bash
docker run -it --rm docker.xuanyuan.run/rnakato/database /bin/bash - GPU模式：
bash
docker run -it --rm --gpus all docker.xuanyuan.run/rnakato/database_gpu /bin/bash - 以root用户运行（默认用户为ubuntu）：
bash
docker run -it --rm --gpus all -u root docker.xuanyuan.run/rnakato/database_gpu /bin/bash
从Dockerfile构建镜像
- 构建普通版本（CPU）：
bash
docker build -t youracount/database --target normal . - 构建GPU版本：
bash
docker build -t youracount/database_gpu --target gpu .
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull rnakato/database:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"