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rogerab/transdecoder

rogerab

用于运行Transcoder/Transdecoder的应用，输入转录本序列文件，可识别开放阅读框（ORFs）并返回其翻译版本。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：rogerab仓库类型：镜像最近更新：10 年前

让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明

如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。

只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：

请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：

https://xuanyuan.cloud/agents.md

在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。

查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。若 AI 无法访问外链，可打开说明文档复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。

镜像标签列表与下载命令

Transcoder/Transdecoder Docker镜像文档

镜像概述

本Docker镜像封装了Transcoder/Transdecoder应用，用于处理转录本序列数据。该应用可接收转录本序列文件作为输入，识别其中的开放阅读框（ORFs），并生成这些ORFs的翻译版本。原始应用项目详情可参考：[***]

核心功能与特性

转录本序列处理：支持输入标准格式的转录本序列文件（如FASTA格式）
开放阅读框识别：自动识别转录本中的潜在开放阅读框（ORFs）
ORF翻译：将识别到的ORFs翻译成对应的氨基酸序列
兼容性：遵循Transcoder/Transdecoder官方功能规范，确保结果一致性

使用场景与适用范围

基因组学研究中对转录组数据的功能注释
非模式生物转录本的编码潜能分析
基因表达研究中蛋白质编码区域的预测
生物信息学 pipeline 中集成ORF识别与翻译步骤

使用方法与配置说明

基本使用流程

准备输入文件：转录本序列文件（建议FASTA格式）
通过Docker运行容器，挂载包含输入文件的目录
执行Transcoder/Transdecoder命令处理数据
从挂载目录获取输出结果

Docker运行示例

基础运行命令

bash
docker run -v /本地数据目录:/data transcoder-image TransDecoder.LongOrfs -t /data/input_transcripts.fasta

-v /本地数据目录:/data：将本地数据目录挂载到容器内的/data目录
TransDecoder.LongOrfs：Transdecoder的核心命令，用于识别长ORFs
-t /data/input_transcripts.fasta：指定输入的转录本序列文件路径

完整分析流程示例

bash
# 1. 识别长ORFs
docker run -v /path/to/data:/data transcoder-image TransDecoder.LongOrfs -t /data/transcripts.fasta -O /data/transdecoder_results

# 2. （可选）使用Pfam数据库进行ORF筛选
docker run -v /path/to/data:/data transcoder-image TransDecoder.Predict -t /data/transcripts.fasta --retain_pfam_hits /data/pfam.domtblout -O /data/transdecoder_results

输出文件说明

执行命令后，结果将保存在指定的输出目录（如示例中的/data/transdecoder_results），主要包含：

transcripts.fasta.transdecoder_dir/：包含中间处理文件
transcripts.fasta.transdecoder.pep：翻译得到的氨基酸序列（ORF翻译结果）
transcripts.fasta.transdecoder.gff3：ORF位置的GFF3格式注释文件
transcripts.fasta.transdecoder.cds：ORF对应的CDS序列

注意事项

输入文件需为标准FASTA格式，确保序列格式正确
处理大型转录本文件时，建议分配足够的内存资源
如需使用额外数据库（如Pfam），需提前准备相关文件并挂载到容器内
详细命令参数可参考官方文档：https://transdecoder.github.io

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 transdecoder 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/rogerab/transdecoder:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull rogerab/transdecoder:<标签>

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