samply/directory_sync_service

目录同步服务

镜像概述和主要用途

运行在生物样本库站点的目录同步服务，用于保持BBMRI Directory与样本库中的样本数量等信息同步，同时从Directory更新本地FHIR存储中的联系详情等信息。若运行Bridgehead，目录同步已预装，无需单独部署（详见https://github.com/samply/bridgehead?tab=readme-ov-file#directory-sync-tool%EF%BC%89%E3%80%82

该服务需访问包含患者、样本信息及生物样本库详情的FHIR存储，数据需符合GBA profile。若运行https://github.com/samply/bridgehead%EF%BC%8C%E5%88%99%E5%B7%B2%E5%8C%85%E5%90%AB%E5%9F%BA%E4%BA%8Ehttps://github.com/samply/blaze%E7%9A%84%E5%90%88%E9%80%82FHIR%E5%AD%98%E5%82%A8%E3%80%82

服务支持通过Quartz以cron语法定时启动同步，若无cron配置，则仅运行一次。需提供Directory的URL、用户名、密码及本地FHIR存储的URL。

核心功能和特性

• 双向数据同步：将样本库的样本数量等信息同步至BBMRI Directory，同时从Directory更新本地FHIR存储的联系详情
• 定时同步机制：支持cron语法配置同步间隔，无配置时仅执行一次
• 集合处理策略：可通过Specimen资源扩展指定集合ID，或设置默认集合ID（适用于未分配集合的样本）
• 失败重试机制：可配置最大重试次数和重试间隔，应对FHIR存储启动延迟等场景
• 元数据导入功能：可从Directory导入生物样本库和集合的元数据
• 模拟运行模式：启用后不实际连接Directory，返回模拟数据便于测试
• 星型模型支持：可配置生成并发送星型模型摘要信息（需数据保护组审核）

使用场景和适用范围

适用于运行生物样本库且需要与BBMRI Directory保持数据同步的站点，特别是未使用Bridgehead（已预装该服务）的场景。需具备符合GBA profile的FHIR存储，用于存储患者、样本及生物样本库信息。

详细使用方法和配置说明

环境变量配置

以下环境变量用于配置服务，建议存储在.env文件中：

注意：

• DS_DIRECTORY_USER_NAME和DS_DIRECTORY_USER_PASS为必填项，需联系Directory管理员获取登录凭证
• 若ETL未为样本分配Directory集合ID，需指定DS_DIRECTORY_DEFAULT_COLLECTION_ID
• 启用DS_DIRECTORY_ALLOW_STAR_MODEL前，建议咨询本地数据保护组
• DS_TIMER_CRON未指定或为-时，服务执行一次后终止
• DS_DIRECTORY_MOCK为'True'时仍需提供登录凭证（但会被忽略）

Docker部署示例

.env文件示例

env
DS_DIRECTORY_URL=https://bbmritestnn.gcc.rug.nl
DS_DIRECTORY_USER_NAME=foo@foomail.com
DS_DIRECTORY_USER_PASS=qwelmqwldmqwklmdLKJNJKNKJN
DS_FHIR_STORE_URL=http://store:8080/fhir

使用docker run运行

bash
docker run --env-file .env samply/directory_sync_service

使用docker-compose运行

仓库中包含示例docker-compose.yml文件，启动命令：

bash
docker-compose up

独立构建和运行（非Docker方式）

前提条件

• 运行环境：Linux
• 安装依赖：git、Java 19、Maven
• 克隆仓库并进入目录

构建

bash
mvn clean install

运行

设置环境变量后，执行：

bash
java -jar target/directory_sync_service*.jar

测试

单元测试

使用JaCoCo工具测量单元测试覆盖率：

bash
mvn clean verify

测试结果位于：

target/site/jacoco/index.html

用浏览器打开查看，第5列显示行覆盖率（未覆盖行数/总行数，覆盖率计算公式：(总行数-未覆盖行数)/总行数×100%）。

集成测试

ci目录包含集成测试所需文件，用于GitHub CI流水线。手动运行步骤：

1. 进入ci目录
2. 设置数据集环境变量（数据集列表见ci/data/input）
3. 清理并启动测试环境：

bash
cd ci
export DATASET=1patient_1collection
docker volume rm -f store-db-data # 清空Blaze存储
docker-compose up --abort-on-container-exit
docker-compose down
bash compare_test_results_with_reference.sh $DATASET

测试将启动Blaze FHIR存储，加载测试数据，运行目录同步，将结果转储到文件并与ci/data/output中的参考数据比较。

许可证

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