samply/obds2fhir

oBDS2FHIR / ADT2FHIR

镜像概述和主要用途

oBDS2FHIR（也称为ADT2FHIR）是一款用于将德国肿瘤文档系统导出的文件转换为FHIR捆绑包的工具，适用于https://github.com/samply/bridgehead%EF%BC%88%E6%88%96%E5%85%B6%E4%BB%96%E5%9F%BA%E4%BA%8EFHIR%E7%9A%84%E8%BD%AF%E4%BB%B6%EF%BC%89%E3%80%82%E8%BD%AC%E6%8D%A2%E9%80%9A%E8%BF%87%E4%B8%A4%E4%B8%AAXSLT%E6%96%87%E4%BB%B6%E5%AE%9E%E7%8E%B0%EF%BC%9A

• **https://github.com/samply/obds2fhir/blob/main/src/main/resources/oBDS2MDS_FHIR.xsl**%EF%BC%88%E5%B0%86oBDS%E6%98%A0%E5%B0%84%E5%88%B0%E9%9D%A2%E5%90%91%E7%A0%94%E7%A9%B6%E7%9A%84Meldedatensatz%E7%BB%93%E6%9E%84%EF%BC%89
• **https://github.com/samply/obds2fhir/blob/main/src/main/resources/MDS2FHIR.xsl**%EF%BC%88%E5%B0%86MDS%E8%BD%AC%E6%8D%A2%E4%B8%BA%E5%8F%AF%E4%BA%92%E6%93%8D%E4%BD%9C%E7%9A%84FHIR%E8%B5%84%E6%BA%90%EF%BC%89

该软件最初为德国癌症联盟临床通信平台开发，后开源。

两个名称，一个软件

ADT2FHIR最初于2020年开发，用于集成ADT/GEKID数据集，该数据集后来更名为Onkologischer Basisdatensatz（oBDS）。因此，ADT2FHIR现在也称为oBDS2FHIR（两个术语同义）。

核心功能和特性

• 数据转换：将德国肿瘤文档系统（oBDS/ADT）导出的XML文件转换为FHIR标准捆绑包
• 双阶段处理：通过oBDS2MDS.xsl和MDS2FHIR.xsl两个XSLT文件实现从原始数据到FHIR资源的映射与转换
• 配置灵活性：支持通过环境变量和Java系统属性自定义转换行为
• 伪化集成**：可与Mainzelliste伪**化服务集成，保护患者隐私
• FHIR服务器对接：支持将转换后的数据导入Blaze等FHIR服务器

使用场景和适用范围

适用于需要将德国肿瘤文档系统（oBDS/ADT）数据标准化为FHIR格式的场景，尤其适合***研究机构、肿瘤登记系统及临床数据平台，用于数据交换、集成和二次分析。

使用方法和配置说明

基本使用流程

1. 将oBDS XML文件放入输入目录：
   /clinical_data/Input_oBDS/
2. 可选操作：
   • 对患者标识符进行伪***化（例如使用Mainzelliste）
   • 将转换后的数据导入FHIR服务器（例如https://github.com/samply/blaze%EF%BC%89

Docker部署

oBDS2FHIR设计用于docker compose部署。执行以下步骤：

1. 将oBDS XML文件放入主机的./clinical_data/Input_oBDS/目录
2. 运行以下命令启动服务：

sh
docker compose up

要求：docker-compose版本至少为1.29.2
配置文件：docker-compose.yml（已预设合理默认值，#注释参数通常无需修改）

配置说明

可通过环境变量（直接在Java中或通过docker compose）配置转换行为，以下是主要配置项：

基本配置

FHIR相关

BLAZE FHIR服务器

MAINZELLISTE伪***化

高级选项（可选）

Java系统属性

部分配置需通过Java系统属性设置，可在docker-compose.yml的command中定义：

yaml
command: [
  "-Dkeep.internal.id=false",         # 保留明文Patient/@Patient_ID作为FHIR Patient.id（默认：false）
  "-Duse.pseudonym=false",            # 使用伪匿名作为Patient.id而非Patient/@Patient_ID（默认：false）
  "-Dmainzelliste.external.id=true"   # 向Mainzelliste提供Patient/@Patient_ID作为locallyUniqueId（默认：true）
]

卷配置

网络配置

若在同一主机运行多个docker-compose服务且未管理网络，添加以下配置以访问其他服务：

yaml
extra_hosts:
  - "host.docker.internal:host-gateway"

注意事项

• 数据要求：Patient、Sample、Diagnose必须包含Id，其他Id为可选
• 标识符系统：应将默认标识符系统URL（[***]
• FHIR id生成：若oBDS XML中缺少Id，系统将通过内容哈希生成，但建议提供所有可选Id
• 必需字段：Patient_ID、Diagnosis_ID和Sample_ID为必填项
• URI格式：_Lokal_DKTK_ID_Pat_System_必须符合FHIR URI格式规范