sangerpathogens/ariba
sangerpathogens
自动构建
ARIBA是一款通过本地组装识别抗生素耐药性基因的工具，支持MLST分型，可分析测序数据中耐药基因的存在及变异情况，助力微生物耐药性研究。
下载次数: 0状态：自动构建维护者：sangerpathogens仓库类型：镜像最近更新：5 年前
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ARIBA
通过本地组装识别抗菌药物耐药性基因
有关ARIBA的使用方法，请查看https://github.com/sanger-pathogens/ariba/wiki。
注意：目前我们没有资源为ARIBA提供支持，请参考反馈/问题部分。
https://img.shields.io/badge/License-GPL%20v3-brightgreen.svg](https://github.com/sanger-pathogens/ariba/blob/master/LICENSE)
https://img.shields.io/badge/MGEN-10.1099%2Fmgen.0.000131-brightgreen.svg]([]
https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg](http://bioconda.github.io/recipes/ariba/README.html)
https://img.shields.io/badge/container-ready-brightgreen.svg](https://quay.io/repository/biocontainers/ariba)
https://img.shields.io/docker/build/sangerpathogens/ariba.svg](https://hub.docker.com/r/sangerpathogens/ariba)
https://img.shields.io/docker/pulls/sangerpathogens/ariba.svg](https://hub.docker.com/r/sangerpathogens/ariba)
https://codecov.io/gh/sanger-pathogens/ariba/branch/master/graph/badge.svg](https://codecov.io/gh/sanger-pathogens/ariba)
目录
- 简介
- 快速开始
- Docker部署
- 使用场景
- 配置说明
- 许可证
简介
ARIBA是一款通过本地组装识别抗生素耐药性基因的工具，也可用于https://github.com/sanger-pathogens/ariba/wiki/MLST-calling-with-ARIBA%E3%80%82
输入为参考序列FASTA文件（含基因/非编码序列）及配对测序reads，输出参考序列的存在情况、组装质量及变异细节。
快速开始
- 获取参考数据（如NCBI）：
bash
ariba getref ncbi out.ncbi - 准备参考数据：
bash
ariba prepareref -f out.ncbi.fa -m out.ncbi.tsv out.ncbi.prepareref - 运行组装与变异分析：
bash
ariba run out.ncbi.prepareref reads1.fastq reads2.fastq out.run - 汇总多结果：
bash
ariba summary out.summary out.run1/report1.tsv out.run2/report2.tsv
Docker部署
- 拉取镜像：
bash
docker pull sangerpathogens/ariba - 运行镜像（数据目录映射为
/data）：bashdocker run --rm -it -v /your/local/data:/data sangerpathogens/ariba ariba -h
注意：Docker内文件路径需加/data/前缀（如/data/reads1.fastq）。
使用场景
- 微生物耐药性研究：识别测序数据中的耐药基因
- MLST分型：微生物多位点序列分型
- 耐药基因变异检测：分析测序reads与参考序列的差异
配置说明
依赖环境变量
优先使用环境变量指定工具路径，否则查找$PATH：
| 工具 | 默认名称 | 环境变量名 |
|---|---|---|
| Bowtie2 | bowtie2 | $ARIBA_BOWTIE2 |
| CD-HIT (est) | cd-hit-est | $ARIBA_CDHIT |
示例：指定Bowtie2路径
bashexport ARIBA_BOWTIE2=$HOME/bowtie2-2.1.0/bowtie2
临时文件设置
临时目录优先级：--tmp_dir > $ARIBA_TMPDIR > $TMPDIR > 输出目录
--noclean选项保留临时文件（调试用）。
许可证
ARIBA基于https://github.com/sanger-pathogens/ariba/blob/master/LICENSE%E5%BC%80%E6%BA%90%E3%80%82
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 ariba 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/sangerpathogens/ariba:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull sangerpathogens/ariba:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"