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kernel

scieloorg/kernel

scieloorg

SciELO方法学新信息系统架构的核心组件，负责科学期刊数据的管理、保存并充当权威数据源。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：scieloorg仓库类型：镜像最近更新：1 年前
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Kernel

Kernel是SciELO方法学新信息系统架构的核心组件，目前仍处于开发阶段。它负责科学期刊集合数据的管理、保存，并充当权威数据源。

                            +------------+  +--------------------+
                            | Public     |  | OAI-PMH            |
                            | website    |  | data provider, etc |
                            +------------+  +--------------------+
                                    ^              ^
                                    |              |
+-------------------+       +------------------------------+      +--------------+
|  Data ingestion   |       |                              |      |              |
|  workflow         |------>|            Kernel            |----->| Integrations |
|                   |       |                              |      |              |
+-------------------+       +------------------------------+      +--------------+

主要特性

  • 通过RESTful接口作为Web服务运行；
  • 支持通过名为“Documents bundle”的抽象表示期刊期或任何其他文档组；
  • 保存期刊和Documents bundle的元数据版本；
  • 保存XML文档及其数字资产的多个版本；
  • 确保XML文档与其数字资产之间的引用完整性；
  • 通过变更日志和事件总线通知实现复制。

有关SciELO方法学新信息系统架构的更多信息，请参阅 [***]

要求

  • Python 3.7+
  • MongoDB

本地部署

应用配置

.ini文件中的指令环境变量默认值
kernel.app.mongodb.dsnKERNEL_APP_MONGODB_DSNmongodb://db:27017
kernel.app.mongodb.dbnameKERNEL_APP_MONGODB_DBNAMEdocument-store
kernel.app.mongodb.replicasetKERNEL_APP_MONGODB_REPLICASET
kernel.app.mongodb.readpreferenceKERNEL_APP_MONGODB_READPREFERENCEsecondaryPreferred
kernel.app.mongodb.writetoKERNEL_APP_MONGODB_WRITETO1
kernel.app.mongodb.transactions.enabledKERNEL_APP_MONGODB_TRANSACTIONS_ENABLEDFalse
kernel.app.prometheus.enabledKERNEL_APP_PROMETHEUS_ENABLEDTrue
kernel.app.prometheus.portKERNEL_APP_PROMETHEUS_PORT8087
kernel.app.sentry.enabledKERNEL_APP_SENTRY_ENABLEDFalse
kernel.app.sentry.dsnKERNEL_APP_SENTRY_DSN
kernel.app.sentry.environmentKERNEL_APP_SENTRY_ENVIRONMENT

默认配置假设使用MongoDB的独立实例。对于生产环境，建议使用副本集（replica sets）。更多详情请访问 [***]

连接副本集时，必须通过kernel.app.mongodb.replicaset指令设置副本集名称。此外，可以通过kernel.app.mongodb.dsn指令指定副本集的多个种子（seeds），用空格或换行分隔其URI。

为确保生产环境中的数据一致性，建议启用kernel.app.mongodb.transactions.enabled指令。该指令依赖于副本集的使用。建议使用MongoDB 4.4+，否则数据库和集合都需要由DBA显式创建。更多详情请访问 [***]

高级配置

环境变量默认值
KERNEL_LIB_MAX_RETRIES4
KERNEL_LIB_BACKOFF_FACTOR1.2

通过源代码和Pip运行

bash
$ git clone https://github.com/scieloorg/kernel.git
$ cd kernel
$ pip install -r requirements.txt && python setup.py develop
$ pserve development.ini

此配置要求MongoDB实例在本地主机的27017端口运行。

首次运行时，需要创建数据库结构和索引。为此，请执行命令 kernelctl create-collections <mongo-db-dsn> <dbname> | kernelctl create-indexes <mongo-db-dsn> <dbname>。

通过Docker运行

bash
$ docker-compose up -d

首次运行时，需要创建数据库结构和索引：

bash
$ docker-compose exec webapp kernelctl create-collections <mongo-db-dsn> <dbname> | kernelctl create-indexes <mongo-db-dsn> <dbname>

测试示例文档注册

bash
curl -X PUT -H 'Accept: application/json' -H 'Content-Type: application/json' http://0.0.0.0:6543/documents/0034-8910-rsp-48-2-0347 -d '{"data": "https://raw.githubusercontent.com/scieloorg/packtools/master/tests/samples/0034-8910-rsp-48-2-0347.xml", "assets": [{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf01", "asset_url":"http://www.scielo.br/img/revistas/rsp/v48n2/0034-8910-rsp-48-2-0347-gf01.jpg"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf01-en", "asset_url":"http://www.scielo.br/img/revistas/rsp/v48n2/0034-8910-rsp-48-2-0347-gf01-en.jpg"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf02", "asset_url":"http://www.scielo.br/img/revistas/rsp/v48n2/0034-8910-rsp-48-2-0347-gf02.jpg"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf02-en","asset_url":"http://www.scielo.br/img/revistas/rsp/v48n2/0034-8910-rsp-48-2-0347-gf02-en.jpg"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf03", "asset_url":"http://www.scielo.br/img/revistas/rsp/v48n2/0034-8910-rsp-48-2-0347-gf03.jpg"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf03-en","asset_url":"http://www.scielo.br/img/revistas/rsp/v48n2/0034-8910-rsp-48-2-0347-gf03-en.jpg"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf04", "asset_url":"http://www.scielo.br/img/revistas/rsp/v48n2/0034-8910-rsp-48-2-0347-gf04.jpg"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf04-en","asset_url":"http://www.scielo.br/img/revistas/rsp/v48n2/0034-8910-rsp-48-2-0347-gf04-en.jpg"}]}'

然后执行：

bash
curl -X GET -H 'Accept: text/xml' http://0.0.0.0:6543/documents/0034-8910-rsp-48-2-0347

使用许可

版权所有 2018 SciELO <***>。根据BSD许可条款授权。有关更多信息，请参见源代码中的LICENSE文件。

https://github.com/scieloorg/document-store/blob/master/LICENSE

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 kernel 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/scieloorg/kernel:<标签>

使用方法：

  • 登录认证方式
  • 免认证方式

DockerHub 原生拉取命令

docker pull scieloorg/kernel:<标签>

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