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scieloorg/kernel

SciELO方法学新信息系统架构的核心组件，负责科学期刊数据的管理、保存并充当权威数据源。

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Kernel

Kernel是SciELO方法学新信息系统架构的核心组件，目前仍处于开发阶段。它负责科学期刊集合数据的管理、保存，并充当权威数据源。

                            +------------+  +--------------------+
                            | Public     |  | OAI-PMH            |
                            | website    |  | data provider, etc |
                            +------------+  +--------------------+
                                    ^              ^
                                    |              |
+-------------------+       +------------------------------+      +--------------+
|  Data ingestion   |       |                              |      |              |
|  workflow         |------>|            Kernel            |----->| Integrations |
|                   |       |                              |      |              |
+-------------------+       +------------------------------+      +--------------+

主要特性

通过RESTful接口作为Web服务运行；
支持通过名为“Documents bundle”的抽象表示期刊期或任何其他文档组；
保存期刊和Documents bundle的元数据版本；
保存XML文档及其数字资产的多个版本；
确保XML文档与其数字资产之间的引用完整性；
通过变更日志和事件总线通知实现复制。

有关SciELO方法学新信息系统架构的更多信息，请参阅 [***]

要求

Python 3.7+
MongoDB

本地部署

应用配置

.ini文件中的指令	环境变量	默认值
kernel.app.mongodb.dsn	KERNEL_APP_MONGODB_DSN	mongodb://db:27017
kernel.app.mongodb.dbname	KERNEL_APP_MONGODB_DBNAME	document-store
kernel.app.mongodb.replicaset	KERNEL_APP_MONGODB_REPLICASET
kernel.app.mongodb.readpreference	KERNEL_APP_MONGODB_READPREFERENCE	secondaryPreferred
kernel.app.mongodb.writeto	KERNEL_APP_MONGODB_WRITETO	1
kernel.app.mongodb.transactions.enabled	KERNEL_APP_MONGODB_TRANSACTIONS_ENABLED	False
kernel.app.prometheus.enabled	KERNEL_APP_PROMETHEUS_ENABLED	True
kernel.app.prometheus.port	KERNEL_APP_PROMETHEUS_PORT	8087
kernel.app.sentry.enabled	KERNEL_APP_SENTRY_ENABLED	False
kernel.app.sentry.dsn	KERNEL_APP_SENTRY_DSN
kernel.app.sentry.environment	KERNEL_APP_SENTRY_ENVIRONMENT

默认配置假设使用MongoDB的独立实例。对于生产环境，建议使用副本集（replica sets）。更多详情请访问 [***]

连接副本集时，必须通过kernel.app.mongodb.replicaset指令设置副本集名称。此外，可以通过kernel.app.mongodb.dsn指令指定副本集的多个种子（seeds），用空格或换行分隔其URI。

为确保生产环境中的数据一致性，建议启用kernel.app.mongodb.transactions.enabled指令。该指令依赖于副本集的使用。建议使用MongoDB 4.4+，否则数据库和集合都需要由DBA显式创建。更多详情请访问 [***]

高级配置

环境变量	默认值
KERNEL_LIB_MAX_RETRIES	4
KERNEL_LIB_BACKOFF_FACTOR	1.2

通过源代码和Pip运行

$ git clone [***]
$ cd kernel
$ pip install -r requirements.txt && python setup.py develop
$ pserve development.ini

此配置要求MongoDB实例在本地主机的27017端口运行。

首次运行时，需要创建数据库结构和索引。为此，请执行命令 kernelctl create-collections <mongo-db-dsn> <dbname> | kernelctl create-indexes <mongo-db-dsn> <dbname>。

通过Docker运行

$ docker-compose up -d

首次运行时，需要创建数据库结构和索引：

$ docker-compose exec webapp kernelctl create-collections <mongo-db-dsn> <dbname> | kernelctl create-indexes <mongo-db-dsn> <dbname>

测试示例文档注册

curl -X PUT -H 'Accept: application/json' -H 'Content-Type: application/json' [***] -d '{"data": "[***]", "assets": [{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf01", "asset_url":"[***]"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf01-en", "asset_url":"[***]"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf02", "asset_url":"[***]"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf02-en","asset_url":"[***]"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf03", "asset_url":"[***]"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf03-en","asset_url":"[***]"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf04", "asset_url":"[***]"},{"asset_id":"0034-8910-rsp-48-2-0347-gf04-en","asset_url":"[***]"}]}'

然后执行：