scitran/core

SciTran – 科学透明性

镜像概述

SciTran Core是一个RESTful HTTP API，采用Python编写并以MongoDB为数据存储后端，是https://scitran.github.io%E7%9A%84%E6%A0%B8%E5%BF%83%E7%BB%84%E4%BB%B6%E3%80%82%E5%85%B6%E6%A0%B8%E5%BF%83%E7%9B%AE%E6%A0%87%E6%98%AF%E9%80%9A%E8%BF%87%E5%AE%89%E5%85%A8%E7%9A%84%E6%95%B0%E6%8D%AE%E7%AE%A1%E7%90%86%E5%92%8C%E5%8F%AF%E5%A4%8D%E7%8E%B0%E7%9A%84%E5%A4%84%E7%90%86%E6%B5%81%E7%A8%8B%EF%BC%8C%E5%AE%9E%E7%8E%B0%E7%A7%91%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E7%9A%84%E9%80%8F%E6%98%8E%E6%80%A7%E3%80%82

核心功能

1. 提供RESTful API接口，支持科学数据的存储、查询与管理
2. 保障数据安全，实现权限控制与数据访问审计
3. 支持可复现的科学处理流程，确保研究结果的可验证性
4. 与MongoDB集成，高效处理结构化与非结构化科学数据

使用场景

• 科研机构、实验室用于管理实验数据，确保数据的完整性与透明性
• 学术团队协作时共享和管理科学数据，支持可复现的研究工作流
• 数据中心对科学数据进行规范化存储与访问控制

配置说明与部署示例

环境要求

• 当前仅支持Python 2环境
• 需要MongoDB服务（本地或远程）

OSX部署

bash
$ ./bin/run-dev-osx.sh --help

建议升级bash以获得更好体验：

bash
brew install bash bash-completion
sudo dscl . -create /Users/$(whoami) UserShell /usr/local/bin/bash

Ubuntu部署

1. 创建虚拟环境：

bash
mkvirtualenv scitran-core

2. 安装依赖：

bash
./bin/install-ubuntu.sh

3. 启动服务：

bash
uwsgi --http :8080 --master --wsgi-file bin/api.wsgi -H $VIRTUAL_ENV \
    --env SCITRAN_PERSISTENT_DB_URI="mongodb://localhost:27017/scitran-core"

相关资源

• https://scitran.github.io/core%EF%BC%9A%E5%88%86%E6%94%AF%E5%92%8C%E6%A0%87%E7%AD%BE%E7%9A%84API%E6%96%87%E6%A1%A3%E5%8F%AF%E5%88%86%E5%88%AB%E8%AE%BF%E9%97%AE%60https://scitran.github.io/core/branches/和https://scitran.github.io/core/tags/`
• https://github.com/scitran/core/blob/master/CONTRIBUTING.md
• https://github.com/scitran/core/blob/master/TESTING.md
• https://github.com/scitran/core/blob/master/LICENSE%EF%BC%88MIT%E5%BC%80%E6%BA%90%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%EF%BC%89