scrnaseqbenchmark/baseline

scRNAseq_Benchmark镜像说明

镜像概述

本镜像提供单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分类工具的基准测试工作流，整合了多种经典和前沿的分类方法，支持通过Snakemake和Singularity执行标准化的性能评估流程，帮助用户客观比较不同工具在scRNA-seq细胞类型分类任务中的表现。

核心功能

1. 集成多种分类工具：包括kNN、LDA、RF、SVM等传统方法，以及singleCellNet、CHETAH、scmap、SingleR等单细胞领域专用工具；
2. 灵活配置支持：通过YAML配置文件指定输入数据、输出目录、特征数量、工具列表等参数；
3. 自动生成评估结果：输出各工具的预测标签、真实标签及运行时间统计（测试时间、训练时间、总时间）；
4. 可扩展性：提供规则模板，方便用户添加新的分类工具到基准测试流程中。

使用场景

• 单细胞数据分析领域的方法学研究，对比不同分类工具的性能；
• 生物信息学工具开发者验证新方法的有效性；
• 科研人员在实际项目中选择最优的细胞类型分类工具。

配置说明

基础配置文件（config.yml）

YML
output_dir: <输出目录路径>
datafile: <细胞计数CSV文件路径>
labfile: <细胞真实标签CSV文件路径>
column: <标签文件中使用的列索引，默认1>
number_of_features: <输入特征数量，0表示全部，默认0>
genes: <基因名称列表路径，仅Garnett_CV和Garnett_Pretrained需要>
human: <数据是否为人类来源，true为人类，false为小鼠，默认true>
tools_to_run: # 需要运行的工具列表
  - <工具1>
  - <工具2>
  - <...>

工具特定配置

部分工具需要额外参数：

• Garnett_CV：

  YML
  Garnett_CV:
    markers: <Garnett标记基因文件路径>
  

• Garnett_Pretrained：

  YML
  Garnett_Pretrained:
    classifier: <Garnett预训练分类器路径>
  

部署示例

基本运行命令

从仓库根目录执行：

bash
snakemake \
  --configfile <配置文件路径> \
  --use-singularity

挂载外部目录（输入/输出不在仓库根目录时）

bash
snakemake \
  --configfile <配置文件路径> \
  --use-singularity \
  --singularity-args '--***d <输入位置>:<输入位置> --***d <输出目录>:<输出目录>'