seunglab/igneous Docker 镜像 - 轩辕镜像

神经影像数据处理与Neuroglancer卷管理镜像

镜像概述与主要用途

本镜像专为神经科学领域设计，提供3D神经影像数据的核心处理能力，支持与Neuroglancer（3D神经影像可视化工具）无缝集成。主要用于神经影像数据的预处理、结构分析及卷管理，帮助研究者高效处理高分辨率神经影像数据，为可视化和后续分析提供支持。

核心功能与特性

• 降采样（Downsample）：通过调整分辨率减小数据体积，在保持关键结构信息的同时提升数据传输与可视化效率，支持多尺度降采样配置。
• 网格化（Mesh）：基于3D影像数据生成表面网格模型，保留神经结构的空间形态特征，适用于结构形态分析与三维重建。
• 骨架化（Skeletonize）：提取神经结构的中心轴线（骨架），量化神经突起的分支模式、长度及连接关系，支持神经连接组学研究。
• Neuroglancer卷管理：提供卷的创建、更新、删除及元数据配置功能，支持将处理后的数据直接接入Neuroglancer进行可视化，简化数据流转流程。

使用场景与适用范围

• 神经影像数据预处理：高分辨率脑切片影像、EM（电子显微镜）影像等数据的降采样与格式转换。
• 神经结构分析：神经元突起、突触连接等结构的网格建模与骨架提取，支持形态参数量化。
• Neuroglancer可视化支持：为Neuroglancer提供标准化数据卷，实现处理后数据的即时可视化。
• 适用人群：神经科学研究者、计算神经科学家、生物医学影像分析师及相关领域工程师。

使用方法与配置说明

基本使用流程

1. 拉取镜像：docker pull [镜像名称]:[标签]（需替换为实际镜像名称及标签）
2. 挂载数据卷：将本地数据目录映射至容器内，确保输入输出路径可访问
3. 配置环境变量：设置处理参数（如降采样率、网格分辨率等）
4. 运行容器：执行目标处理命令（降采样/网格化/骨架化/卷管理）

部署示例

1. Docker Run命令示例（降采样操作）

docker
docker run -d \
  -v /local/neurodata:/data \  # 本地数据目录映射
  -e INPUT_PATH=/data/raw_data \  # 输入原始影像路径
  -e OUTPUT_PATH=/data/downsampled \  # 输出降采样后数据路径
  -e DOWNSAMPLE_RATE=4 \  # 降采样率（沿x/y/z轴）
  --name neuroglancer-processor \
  [镜像名称]:[标签] \
  downsample  # 执行降采样命令

2. Docker Compose配置示例

yaml
version: '3'
services:
  neuroglancer-tools:
    image: [镜像名称]:[标签]
    volumes:
      - /local/neurodata:/data
    environment:
      - INPUT_PATH=/data/raw
      - OUTPUT_PATH=/data/processed
      - NEUROGLANCER_URL=[***]  # Neuroglancer服务器地址
      - MESH_RESOLUTION=256  # 网格模型分辨率（体素）
    command: mesh  # 执行网格化命令

参数说明（环境变量）

注意事项

• 处理高分辨率数据时建议分配足够的内存与CPU资源（可通过--memory和--cpus参数限制）
• 输入数据需为Neuroglancer支持的格式（如NIfTI、Zarr等），不支持格式需提前转换
• 卷管理功能需确保与Neuroglancer服务器网络连通，且具备相应的API访问权限