shinejh0528/igblast
shinejh0528
基于NCBI igBLAST 1.22.0的Docker镜像，用于免疫球蛋白(Ig)和T细胞受体(TCR)序列的比对与分析，预配置人类TR/IG数据库及辅助数据，支持序列对齐、CDR区域识别和V(D)J重排分析。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：shinejh0528仓库类型：镜像最近更新：2 年前
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igBLAST Docker镜像文档
镜像概述
本镜像基于NCBI igBLAST 1.22.0版本（x64 Linux平台）构建，提供免疫球蛋白（Ig）和T细胞受体（TCR）序列的专业比对与分析工具。镜像内置预配置的人类TR/IG基因数据库、辅助数据文件及完整的分析工具链，可直接用于序列对齐、CDR区域识别、V(D)J重排分析等免疫学研究场景。
核心功能与特性
- 版本信息：基于
ncbi-igblast-1.22.0-x64-linux构建，镜像版本1.0.0 - 预配置数据库：包含人类TR（T细胞受体）和IG（免疫球蛋白）基因数据库（V、D、J基因库）
- 辅助数据：内置
human_gl.aux等辅助数据文件，支持翻译显示和序列注释 - 完整工具链：集成igblastn等核心工具，支持命令行直接调用
- 即开即用：无需额外配置数据库路径，可直接运行分析命令
使用场景
- 免疫学研究中的B细胞受体（BCR）序列分析
- T细胞受体（TCR）序列注释与V(D)J重排分析
- 抗体序列CDR区域识别与特征提取
- 免疫组库数据分析与克隆型鉴定
使用方法
镜像获取
可通过Docker Hub或私有仓库获取镜像（具体获取方式请参考镜像源说明）。
基本使用命令
镜像内igBLAST主程序及数据库路径：/usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/
Docker Run示例（TCR分析）
bashdocker run -v /本地输入文件路径:/input -v /本地输出路径:/output igblast:1.0.0 \ igblastn -germline_db_V /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_V \ -germline_db_J /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_J \ -germline_db_D /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_D \ -organism human \ -query /input/test.fasta \ -show_translation \ -auxiliary_data /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/optional_file/human_gl.aux \ -ig_seqtype TCR \ -out /output/result.txt
参数说明
| 参数 | 说明 |
|---|---|
-germline_db_V | 指定V基因数据库路径（如人类TR_V数据库） |
-germline_db_J | 指定J基因数据库路径（如人类TR_J数据库） |
-germline_db_D | 指定D基因数据库路径（如人类TR_D数据库） |
-organism | 指定物种（如human） |
-query | 输入FASTA格式的查询序列文件路径 |
-show_translation | 显示氨基酸翻译结果 |
-auxiliary_data | 指定辅助数据文件路径（如human_gl.aux） |
-ig_seqtype | 指定序列类型（TCR或Ig） |
-out | 输出结果文件路径 |
输出结果说明
分析结果包含以下关键信息：
- 数据库信息：使用的V/D/J基因数据库名称、序列数量及总长度
- 序列比对 summary：显著比对的序列列表（得分、E值）
- V-(D)-J重排 summary：Top V/D/J基因匹配、链类型、是否有终止密码子、读框等信息
- 连接区细节：V末端、V-D连接区、D区域、D-J连接区、J起始区序列
- CDR3区域信息：核苷酸序列、翻译结果、起始/终止位置
- 比对 summary：查询序列与Top V基因的匹配长度、匹配数、错配数、一致性百分比
- 详细比对结果：FR3、CDR3、FR4等区域的序列比对详情
参考资料
- https://github.com/Shin-jongwhan/igBLAST/tree/main
- NCBI igBLAST Web版
- https://ncbi.github.io/igblast/cook/How-to-set-up.html
- NCBI igBLAST最新版本下载
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 igblast 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/shinejh0528/igblast:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull shinejh0528/igblast:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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