shinejh0528/igblast

igBLAST Docker镜像文档

镜像概述

本镜像基于NCBI igBLAST 1.22.0版本（x64 Linux平台）构建，提供免疫球蛋白（Ig）和T细胞受体（TCR）序列的专业比对与分析工具。镜像内置预配置的人类TR/IG基因数据库、辅助数据文件及完整的分析工具链，可直接用于序列对齐、CDR区域识别、V(D)J重排分析等免疫学研究场景。

核心功能与特性

• 版本信息：基于ncbi-igblast-1.22.0-x64-linux构建，镜像版本1.0.0
• 预配置数据库：包含人类TR（T细胞受体）和IG（免疫球蛋白）基因数据库（V、D、J基因库）
• 辅助数据：内置human_gl.aux等辅助数据文件，支持翻译显示和序列注释
• 完整工具链：集成igblastn等核心工具，支持命令行直接调用
• 即开即用：无需额外配置数据库路径，可直接运行分析命令

使用场景

• 免疫学研究中的B细胞受体（BCR）序列分析
• T细胞受体（TCR）序列注释与V(D)J重排分析
• 抗体序列CDR区域识别与特征提取
• 免疫组库数据分析与克隆型鉴定

使用方法

镜像获取

可通过Docker Hub或私有仓库获取镜像（具体获取方式请参考镜像源说明）。

基本使用命令

镜像内igBLAST主程序及数据库路径：/usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/

Docker Run示例（TCR分析）

bash
docker run -v /本地输入文件路径:/input -v /本地输出路径:/output igblast:1.0.0 \
igblastn -germline_db_V /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_V \
-germline_db_J /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_J \
-germline_db_D /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/database/human/TR_D \
-organism human \
-query /input/test.fasta \
-show_translation \
-auxiliary_data /usr/src/ncbi-igblast-1.22.0/optional_file/human_gl.aux \
-ig_seqtype TCR \
-out /output/result.txt

参数说明

输出结果说明

分析结果包含以下关键信息：

• 数据库信息：使用的V/D/J基因数据库名称、序列数量及总长度
• 序列比对 summary：显著比对的序列列表（得分、E值）
• V-(D)-J重排 summary：Top V/D/J基因匹配、链类型、是否有终止密码子、读框等信息
• 连接区细节：V末端、V-D连接区、D区域、D-J连接区、J起始区序列
• CDR3区域信息：核苷酸序列、翻译结果、起始/终止位置
• 比对 summary：查询序列与Top V基因的匹配长度、匹配数、错配数、一致性百分比
• 详细比对结果：FR3、CDR3、FR4等区域的序列比对详情

参考资料

• https://github.com/Shin-jongwhan/igBLAST/tree/main
• NCBI igBLAST Web版
• https://ncbi.github.io/igblast/cook/How-to-set-up.html
• NCBI igBLAST最新版本下载