singgroup/compi-rnaseq

compi-rnaseq-pipeline https://img.shields.io/badge/license-MIT-brightgreen](https://github.com/sing-group/compi-rnaseq-pipeline) https://img.shields.io/badge/hub-docker-blue](https://hub.docker.com/r/singgroup/compi-rnaseq) https://img.shields.io/badge/hub-compi-blue]([***]

这是一个基于Compi框架的RNA-Seq分析管道，使用DElite工具完成差异表达分析。镜像可通过Docker Hub获取，本地运行需参考依赖项文档。

在Linux中使用镜像

执行分析需完成以下步骤：

1. 初始化包含管道所需文件的工作目录
2. 添加输入数据（fastQ reads、基因组、配置文件等）
3. 配置管道参数

初始化工作目录

构建本地工作目录结构，执行以下命令（替换WORKING_DIRECTORY路径）：

sh
WORKING_DIRECTORY=/path/to/your/working-dir

mkdir -p ${WORKING_DIRECTORY}

docker run --rm \
    -v ${WORKING_DIRECTORY}:${WORKING_DIRECTORY} \
    -u "$(id -u)":"$(id -g)" \
    --entrypoint=/bin/bash \
        singgroup/compi-rnaseq \
            init_working_dir.sh ${WORKING_DIRECTORY}

工作目录结构：

/path/to/working-dir
├── compi.parameters
├── config
│   └── contrasts.tsv
├── genes
├── genome
├── README.txt
├── run.sh
└── samples
    └── metadata.tsv

各文件说明：

• README.txt：后续步骤指引
• compi.parameters：分析参数配置
• run.sh：执行脚本
• samples：存放FASTQ文件及样本元数据metadata.tsv
• genome：基因组文件目录
• genes：GTF注释文件目录
• config：配置文件目录，可选contrasts.tsv（差异对比设置）

使用样本数据运行

样本数据下载：chrX数据 | HCC1395数据

解压后编辑compi.parameters的working_dir参数，执行：

bash
./run.sh /path/to/unzipped/data/compi.parameters

结果将生成在compi目录中。

自定义执行参数

单任务并行运行

bash
./run.sh /path/to/data/compi.parameters "--single-task samtools --num-tasks 2"

部分任务执行

bash
./run.sh /path/to/data/compi.parameters "--from prepare-deas --until add-mappings"

开发团队

由SING研究组（维戈大学）和IRCCS Mondino基金会分子生物学与转录组学单元开发：

• Hugo López-Fernández ![ORCID]([***]
• Rosalinda Di Gerlando ![ORCID]([***]